1855年，回、汉豪绅争夺楚雄石羊银矿，发生械斗，总督恒春乘机惨杀回民。文秀在永昌回汉争讼中入狱。1856年由云州回民起义首领蔡春发营救出狱，即在云南蒙化（今
巍山）起兵，招募回彝民数千，9月16日攻克大理。10月17日被推举为大元帅，建立政权。
他一上任，就下令废除清朝年号，用甲子纪年，改用明朝衣冠，旗帜一律用白色，以与清军相区别。他又把大理都督府改为大元帅府，大理新政权宣告成立。杜文秀高举起反清大旗后，势如破竹，所向披靡，攻占了周围53座城池，半个云南在他的控制之下。他主张“三教同心，联为一体”，“三教”是佛教、伊斯兰教与彝族教。
1858年，云南巡抚岑毓英采取分化诱降策略，使另一支回军主力马如龙等叛变后，集中重兵镇压杜文秀。1872年，清军进攻大理，杜文秀于12月26日服毒后自赴清营，要求保全大理军民性命，被岑毓英所杀，起义失败。
“元帅府”位于
大理古城南门内。四周城墙高3米，宽2.1米，占地2万多平方米，是一座城中之城。议事厅殿上挂有杜文秀手书对联：天生英雄夺回汉朝世界，地出豪杰戳破胡儿乾坤。
杜文秀墓，位于大理下兑村。原墓建于1872年，1983年重修。墓高5.7米，为省级文物保护单位。