杜纯，字孝锡，濮州鄄城人。少有成人之操，伯父没官南海上，其孤弱，枢不能还。纯白父请往，如期而丧至。以荫为泉州司法参军。泉有蕃舶之饶，杂货山积。时官于州者私与为市，价十不偿一，惟知州关咏与纯无私买，人亦莫知。后事败，狱治多相牵系，独两人无与。咏犹以不察免，且檄参对。纯愤懑，陈书使者为讼冤，咏得不坐。

熙宁初，以河西令上书言政，王安石异之，引置条例司，数与论事，荐于朝，充审刑详议官。或议复肉刑，先以刖代死刑之轻者，纯言：“今盗抵死，岁不减五十，以死惧民，民常不畏，而况于刖乎？人知不死，犯者益众，是为名轻而实重也。”事遂寝。

元祐元年，范纯仁、韩维、王存、孙永交荐之，除河北转运判官。初更役书，司马光称其论议详尽，予之书曰：“足下在彼，朝廷无河北忧。”纯因建言：“河防旧隶转运，今乃领属都水外丞，计其决溢之变，前日不加多，今日不加少。然出财之司。则常忧费而缓不急；用财之官，则宁过计而无不及，不如使之归一。”后如其言。

召为刑部员外郎、大理少卿，擢侍御史。言者诋其不由科第，改右司郎中，寻知相州，徙徐州，陕西转运使。还，拜鸿胪、光禄卿，权兵部侍郎，谢病，以集贤院学士提举崇福宫，改修撰。卒，年六十四，弟纮。

秦帅郭逵与其属王韶成讼，纯受诏推鞫，得韶罪。安石主韶，变其狱，免纯官。韩绛为相，以检详三司会计。安石再来，乃请监池州酒。久之，为大理正。上言：“朝廷非不恶告讦，而有觇事者以擿抉隐微，盖京师聚万姓，易以宿奸，于计当然，非扰人也。比来或徒隶觖望，或民相怨仇，或意冒告赏，但泛云某有罪，某知状，官不识所逮之囚，囚不省见逮之故。若许有司先计其实，而坐为欺者以诬告，当无不竟矣。”

隰州商尹奇贸温泉矾有羡数，云官润之，寺欲械讯河东。纯曰：“奇情止尔，若傅致其罪，恐自是民无复敢货矾，则数百万之储，皆为土石。请姑没其羡而释其人。”曹州民王坦避水患，以车载货入京，征商者以为匿税，寺议黥坦，纯复争之，卿杨汲奏为立异，又废于家。