新加坡的侨领因为冷战时期子女无法在中国接受华文大学教育，又担心子孙脱离中国文化，所以在1952年初，兴起筹组南洋大学。南洋大学的捐资者不仅有陈六使、李光前这样的富商，更有无数的工人、市民、三轮车夫、妓女等各行业的草根阶层。当时1770名三轮车夫为南洋大学“义踏”，百乐门舞厅舞女为南洋大学“义舞”，一时传为佳话。

林语堂虽然是闽南人，但当初在物色南大校长时在执委会诸公心目中并未受到关注。第一个被提出来的人选是林文庆的长公子林可胜博士，他是世界生物学权威。当南大和他接洽时，他没有马上答应，暂抱观望的态度。

南大执委会也曾与前清华大学校长梅贻琦博士接触，梅贻琦对南洋华人有意创办一间华文大学，觉得意义重大。当时他有一位女儿住在吉隆坡，他表示想从美国过来先看看，然后再作决定。据说李光前曾极力推荐梅贻琦：认为他是一个很合乎理想的人选。因为李光前认为，办大学的，一个作家不如一个学者，一个学者不如一个教育家，一个教育家又不如一个教育事业家，而梅贻琦正好是一个有办大学经验的教育事业家。

另外，南大执委会秘书也曾致函胡适博士，试探他是否有意出长南大，但是没有得到他的复信。

当南大正在忙着物色校长人选时，在纽约担任台湾驻联合国代表团顾问的林语堂，便很技巧地透露其深感兴趣。有一位南大执委便提议和林语堂接头。不久，林语堂就放出风声说南大已聘请他为正校长，林可胜为副校长。可是以林可胜在学术界的地位，如何肯屈居于林语堂之下，所以南大副校长一职后来一直就告虚悬。同时要请梅贻琦出任校长的事也就没有了下文。

1954年8月，林语堂应华侨陈六使与南洋大学执行委员会邀赴新加坡，就任兴建中的南洋大学校长。陈六使为马来西亚富豪，掌握全东南亚橡胶储藏，据林语堂的说法，陈六使富可敌国，对市场的影响力比起任何政府皆有过之，但他对政治一片空白，根本未料到创办南洋大学会引发政治问题。

这所由华侨集资美金四百万元兴办的大学，由于位在情势敏感的东南亚，开办之初就商定，校长除应具国际声望外，不宜由国、共任一方党员出任。正因内外情势复杂，胡适、钱穆等人多有推辞，直到校方派代表到纽约邀请时任中国驻联合国代表团顾问的林语堂，承诺未来会有足够经费与权柄支持，林语堂才首肯接任。

思想自由；又要求理事会在1954年底和1955年底以前，至少分别筹集330万美元，陈六使不仅同意，而且承诺个人立即捐出170万美元。获得具体承诺后，林语堂着手规划校务，并将于联合国担任翻译工作的二女婿黎明挖角到南洋大学，出任他的执行秘书。

办校期间，先因为建筑与办校经费吵吵嚷嚷一阵子，继而政治气氛日趋紧张，毕竟林语堂不满左派与共产党是公开的事实，从而衍生一连串争议。

继而新加坡的《南洋商报》等中文报开始攻击林语堂，且林语堂接获将不利他生命的恐吓信，学校捐款也出了问题，大商贾捐款迟迟不到位，形成学校半数捐款来自新加坡踏三轮车的、理发的和街头小贩等最贫苦华侨的奇特现象。

由于之前兴建的校舍与林语堂教学理念不符，以及对于学校预算问题和学校行政和基金管配等方面存在严重分歧，最后林语堂委托律师与陈六使调解无效，导致双方决裂，董事会以签订五年合同的一半年限支付遣散费给林语堂及11位教职工，共三十万五千两百零三星币。该部分金额最后由陈六使独自垫付。林语堂一班人接受遣散费，决定总引退。

在这事情上陈六使代表的校董事会及林语堂各有过错，为了全体南洋华人的血泪钱，陈六使以个人名义承担了无法兑现当初给林语堂承诺的错独自掏腰包三十余万星元。而对于林语堂虽然获得了近三万星币遣散费（1946年，林语堂51岁，不菲的版税和稿费，林语堂已拥有了十几万美元的家产），但由于之后南洋大学命途多舛，所以林语堂在新加坡华人领域多受争议，南洋大学事件对林语堂的晚年名声造成一些影响。晚年林语堂由于一些政治原因定居台湾台北阳明山。