1529年，查尔库奇马率领北军攻破重要据点图米班巴并将其夷为平地，同时还擒获了
瓦斯卡尔的弟弟兼部将阿图克。一种说法称查尔库奇马将阿图克残忍肢解，用他的头骨做
骷髅杯、皮肤做战鼓；还有一种说法是他将阿图卡的双目挖出，将其弃于战场上任其自生自灭。
这场战役是内战的转折点，随后查尔库奇马与基斯基斯率北军一路南下，直逼
库斯科城郊。瓦斯卡尔亲自率军出战，在基派潘平原大败，其本人也被查尔库奇马俘虏。二人随即率军攻陷库斯科，大肆屠杀印加王公，并遣使向阿塔瓦尔帕告捷。
阿塔瓦尔帕在
卡哈马卡被西班牙人突袭擒获之后，西班牙人要求阿塔瓦尔帕将查尔库奇马召到卡哈马卡，以免他产生敌对行为。1533年8月29日，阿塔瓦尔帕被西班牙人处死之后，
弗朗西斯科·皮萨罗率西班牙人向库斯科进军。印加人多次勇敢而有纪律地向西班牙人发起进攻，西班牙人怀疑查尔库奇马与这些印加人秘密联系并指挥他们的行动。同时有传言称，查尔库奇马将西班牙人因分赃问题发生争执之事告知了镇守库斯科的基斯基斯。虽然无法证实传言的准确性，皮萨罗下令将查尔库奇马处以火刑。西班牙人对查尔库奇马承诺，若是他改宗
天主教，将会改为一种不太痛苦的死法，但查尔库奇马拒绝
受洗，最终被处以火刑。他在临时前不断谴责这个不公正的判决。