棉花屿是中国台湾省基隆市东北方的岛屿，面积0.13平方千米，海拔61公尺。

棉花屿是东南高，西北低的地势，北部属于台地地形，是一座由灰黑色橄榄石，古辉铜石和玄武岩所组成的火山岛，东西长度约为530公尺，南北则为800公尺，海拔最高是61公尺，周长为2200公尺。棉花屿全岛皆被火山熔岩给覆盖，坚硬多孔的岩脉因具有较强的抗风化与抗侵蚀性质，经年累月下形成了岩骨，和岸边的海蚀洞成为此岛屿的特殊地质景观。棉花屿几乎都是平直的断崖，只有西岸西北角的一个小湾允许登陆，但又因岛屿与岩礁之间距离太短，且风势太强大，船只停泊有相当高的难度。棉花屿的东侧还有一座高25公尺岩礁伫立在海面上，称为“屏风岩” 。

棉花屿位于东经122度6分，北纬25度30分，距离基隆东北方约65公里，东西长约300公尺，南北长约400公尺，面积0.13平方公里，海拔最高的地方只有61公尺。棉花屿和北方的彭佳屿，西南方的花瓶屿，三足鼎立。由于棉花屿和彭佳屿地理位置相近，形状也相似，所以有不少渔民都误将棉花屿当作彭佳屿。

棉花屿的海岸为连续的断崖绝壁，海浪冲击崖底部；海岸垂直，只与西北部有一个小湾，约50公尺宽，海崖较低，有一个小沙洲与平地连接，成为本岛登陆地点，东海岸的中央部分有一个岩礁，高约25公尺，屹立于海中，呈一奇观，有“屏风岩”之称。

本屿地势，大致东南部最高，北部呈台地状，西北部的小湾内有宽约20公尺的沙洲，与内部的稍宽平地相连，而呈簸箕型。东南部的高低有三座小丘，其东者（东丘）最高，海拔61公尺，丘顶至山坡有缓起伏面；西南丘比东丘约低6-7公尺，顶上岩石裸露，山劫巍峨，但山腹一下被岩屑沙土覆盖。

本屿是一座火山岛，由灰黑色橄榄石古铜辉石玄武岩的熔岩流所成，有时成熔渣状。其中有坚硬多孔质的岩脉，抵抗风化作用，而突出于地表，尤其是东南丘的丘鳌着最标准。此外火山熔岩上有些浮石凝灰岩覆盖，厚度十余公尺，与本屿东方及东北方最发达。

棉花屿的火山活动期可能较彭佳屿早期的火山碎屑岩活动为晚，但与熔岩流活动期相差无几。再五十余万年前有玄武质熔岩流，然后有浮石凝灰岩堆积。

本屿动物资源以鸟类为主。据台北市野鸟学会在1992年6月，与基隆市野鸟学会1994年5至9月间的调查，在棉花屿共记录到鸟类26科58种，包括保育类鸟种大水鸟，玄燕鸥，唐白鹭，赤腹鹰，鵟，隼，苍燕鸥，白眉燕鸥，玄燕鸥，红尾伯劳，绶带鸟等10种。在花瓶屿方面，主要为白眉燕鸥，白腹鲣鸟之繁殖和栖息场所，曾记录到之保育类鸟种有白眉燕鸥，隼等。哺乳类方面，在棉花屿岛上原有30余只放生羊，岛上裸岩旁有多处羊群栖息区，为维持原有之生态群落，主管单位已于公告日将这些放生羊运回台湾本岛。

棉花屿土壤贫瘠，夏季干旱，冬天风势强劲，不利植物生长，植物大多由草本植物所组成，无灌木与乔木。白眉燕鸥与岛上四周悬崖上与屏风岩上约上百个巢位；玄燕鸥与东北侧礁岩上活动；春、秋季过境鸟大致与全岛可见；猛禽多停栖与岛上最高处。

玄燕鸥栖地环境

棉花屿土壤贫瘠，夏季干旱，冬天风势强劲，不利植物生长，植物相大多由草本植物所组成，无灌木与乔木。白眉燕鸥于岛上四周悬崖上与屏风岩上约上百个巢位；玄燕鸥于东北侧礁岩上栖息，并于主岛东侧向北的陡坡上繁殖；白腹鲣鸟则停栖于屏风岩之北壁与南壁；矶鹬，岩鹭于主岛西，北及东北侧之礁岩上活动；春，秋季之过境鸟大致于全岛可见；猛禽多停栖于岛上最高处。

花瓶屿上植物呈零星分布，以石板菜为主。花瓶屿四周陡峭，无法登陆，形成一处天然适合海鸟栖息，繁殖的地方。约百只的白眉燕鸥，于东北侧凹陷之矮草区繁殖，活动；白腹鲣鸟主要栖息于东北侧另一独立巨石岩壁上，最多曾在8月份时记录到100只左右。

白眉燕鸥保育类鸟种

一、濒临绝种

1、隼（红官）

二、珍贵稀有

1、灰面鹫（ Butastur印度）

2、赤腹鹰（雀鹰soloensis ）

3、唐白鹭（黄嘴白鹭）

4、玄燕鸥（ Anous stolidus ）

5、白眉燕鸥（燕鸥anaetheta ）

6、苍燕鸥（燕鸥红豆杉）

棉花屿与花瓶屿位于基隆北方约65公里处海域，与邻近之彭佳屿同属基隆市政府辖内独立于台湾本岛外之火山岛屿。其中棉花屿与花瓶屿因为地型陡峭，早期又为军事管制区，较少有人为之干扰，因而保存了较完整之自然风貌与海岛火山地质原貌。

1886年，中法战争后，马偕医师曾描述棉花屿聚集了上万只的鸟类在此栖息活动；而后，在日本学者伊能喜矩的《彭佳屿调查报告书》中，更报导本区有鲸类，信天翁，大渔场3大自然资源。近年来的调查报告中对棉花屿与花瓶屿自然资源的描述：包括《海洋科技博物馆特定区鸟类资源之初步调查研究》中记录珍贵稀有之白腹鲣鸟在此地栖息；基隆市野鸟学会的调查中则有玄燕鸥，白眉燕鸥繁殖记录，以及白腹鲣鸟，矶鹬，岩鹭等鸟类之栖息与活动记录。鉴于棉花屿与花瓶屿在鸟类繁殖，过境与栖息上的重要性，农委会于1995年6月12日公告棉花屿与花瓶屿为野生动物重要栖息环境，而后为了避免人为干扰，造成自然景观的破坏，基隆市政府乃于1996年3月18日将其公告划定为野生动物保护区。主要目的在保护岛上栖息繁殖之鸟类及生态环境，以及特有之地形地质景观，并推动赏鸟活动，以加强自然生态保育。

棉花屿：业已登录为国有土地，无驻军与军事设施，划设为保护区后，为中国基隆市政府所管理。万应公庙为岛上仅存的人工建筑物，无人居住。

花瓶屿：为一无人岛屿，尚未登录为国有土地，划设为保护区后，正由主管机关进行土地测量，办理国土登记后，交由中国基隆市政府管理。

分区规划成核心区与缓冲区：

1、核心区：棉花屿与花瓶屿陆域部分。

2、缓冲区：棉花屿平均低潮线向外延伸500公尺海域与花瓶屿平均低潮线向外延伸200公尺海域部分。