亦称二级菌丝、双核菌丝、复相菌丝。它是担子菌中由相应的异性的初生菌丝进行体细胞接合而形成的菌丝。

次生菌丝

secondary hypha

具有分枝状者称为次生菌丝体。菌丝细胞为单倍（n）单核的初级菌丝经体细胞接合后，很容易发生核结合。这样来自双亲的核各自独立成对地在一个细胞内，随着菌丝的伸长，同时进行双核分裂（conjuga-te division），维持双核体（n+n）状态。这种核状态，称为复相核。双核分裂时多半呈锔形的形式进行。次生菌丝首先是起营养菌丝作用，然后才形成子实体。在形成的担子器内进行核融合而成为二倍体（2n）。在子囊菌中一般是次生菌丝不发育。产囊孢产生的产囊菌丝相当于次生菌丝。

繁殖后代，传递营养物质。一般颜色较深，比基内菌丝粗1到2倍，直形或弯曲状而有分支，有的产生色素。生长到一定阶段，大部分分化出可形成孢子的菌丝——孢子丝。

不同温度培养对黑木耳“黑29” 怕勺次生菌丝的宏观和微观形态产生较大的影响。宏观方面主要体现在生长速度差异很大在 30T培养时的生长速度几乎超出 25T培养速度的 1 倍。微观方面主要体现在菌丝的直径变化较为明显 在 30 T培养时菌丝普遍较 粗壮,直径范 围值也 大于其他 4 个培养条件。不同光照强度条件对黑木耳“ 黑29” 的次生菌丝的宏观和微观形态也产生较大的影响。宏观方面主要体现在避光条件下 (0 l xl ) 培养 的菌落外观形态和生长速度均好于有光培养条件。微观方面主要体现在菌丝锁状联合的数量变化较为明显随着光照强度的增加，锁状联合的数量有逐步增加的趋势。试验中也发现相邻的锁状联合的间距随着光照强度的增加在逐渐减小 ，说明光照强度可以使菌丝产生更多的锁状联合，从而产生更多的扭结。这种情况一般认为能够促进原基形成和子实体的生长。