《武昌医学馆丛书》是
清代柯逢时（字巽庵）编著的一部综合性中医著作，成书于1912年。
柯氏致力于影刻校补医书，设武昌医馆，以此命名丛书。该书自清光绪三十年(1904)始，费时八年，陆续刻成。即：宋唐慎微撰《经史证类大观本草》三十一卷、清柯逢时撰《大观本草札记》二卷、宋寇宗爽撰《本草衍义》二十卷、汉张机撰《伤寒论》、宋庞安时撰《伤寒总病论》六卷、宋钱闻礼撰《类症增注伤寒百问歌》四卷、宋郭雍撰《伤寒补亡论》二十卷、元曾世荣撰《活幼心书》三卷，共计八种。本丛书汇辑宋代名家有关伤寒、本草著作为主，又集编者研习《大观本草》之札记。