殷琪是台湾大陆工程公司董事长
殷之浩之女，1986年起出任该公司总经理，成为该公司核心人物。由于受到其父殷之浩政治倾向的影响，殷琪也具有强烈的反
国民党色彩，与
民进党关系密切。
1998年，她出面联合其他亲绿人士组建了台湾高铁公司，并一直扮演民进党幕后金主的角色。2000年“台湾大选”，
陈水扁的搭档人选第一时间选定的就是殷琪，她虽然没有答应，但参加了陈水扁的“政策顾问团”，是工商界挺扁的唯一女性。陈水扁尚未就任时，当时的“安全局长”就曾带领大队人马，到殷琪的公司向陈水扁递交“安全简报”，两人的密切关系可见一斑。陈水扁上台后，殷琪被聘为“国策顾问”。当在野联盟2000年底发动罢免案时，殷琪出面组织工商界领袖，联合在媒体上刊登挺扁广告，以“安定”为名反对罢免。同时，为了让
李登辉卸任后到日本活动，高铁公司还放弃已经采用的法国技术，转而引进
日本新干线，引起外界强烈质疑。对此，殷琪以“纯粹商业利益考虑”为由，替当局挡子弹，让陈水扁和李登辉刮目相看。
陈水扁也
投桃报李，先是在
高铁陷入资金短缺之际，强行通过行政手段协助殷琪顺利筹钱。2004年陈水扁寻求连任，殷琪再度被点名为“副领导人”人选，在选后又列入“
行政院长”考虑名单。当年11月，陈水扁无视高铁有8个案件正遭“
监察院”调查，强推殷琪出任下届“监察委员”，被
在野党痛批为“强盗变官兵”。不过，“第一家庭”仍不避嫌疑，
吴淑珍亲自过问殷琪的婚姻大事，并主动为她牵线。“立委”
林郁方曾形象地对殷琪与陈水扁的关系做出描述，“任何人做财政部长都管不了银行，任何人当交通部长都无法改变陈水扁要帮殷琪的事实”。
殷琪笃信
藏传佛教，是达赖喇嘛的支持者，她每年都亲赴
达兰萨拉听达赖喇嘛宏法，甚至担任义工亲自烧开水、煮饭。过去西藏
藏传佛教法王到台湾弘法，也多次借用殷琪位于
阳明山的家。
2009年8月8日，
台风莫拉克登陆台湾，使
高雄县
甲仙乡小林村罹难约380人，加上此前已统计有超过120人死亡，台湾在此次
风灾中的遇难人数估计已超过500人。风灾造成台湾7000多人无家可归，财产损失逾新台币500亿元，其中农业损失超过新台币106亿元。
风灾发生后，殷琪推动
高雄市政府发文邀请达赖喇嘛赴台，有信徒向在台的“达赖喇嘛西藏宗教基金会”建议，希望能邀请达赖赴台“祈福”。殷琪成为邀请达赖赴台的幕后推手之一，不过，达赖基金会却辩解称殷琪只是单纯帮忙，并非主导。而
马英九2008年5月20日就职南下
高雄宴会时，向殷琪负责的高铁申请专车遭到婉拒；同样2009年8月8日莫拉克台风灾害，台湾佛教慈善团体
慈济也向高铁申请专车，结果也没有成行；但是为了达赖来台，高铁却首开先例，加开一班专车载送达赖南下，并派遣殷琪的专属保镖贴身保护达赖。
台湾高铁公司由于背负高达4400多亿元新台币债务，经营陷入困难，将由台湾当局接手主导。2009年9月22日，台湾高铁召开临时董监事会改选董事长，现任董事长殷琪下台，改由具有官方代表身份的前
台北市副市长、
台湾高铁公司执行长欧晋德接任。
台湾高铁由“政府”接手主导后，
官股董监事席次增加，现有公司
股权结构不变，“政府”不加码投资。原则上，殷琪及另四名高铁
原始股东代表仍将继续担任高铁董事，其它高铁董事则将于董事长改选后再择日召开选定。
此前早在2002年6月，时任国民党“立委”的
吴敦义就指控高铁工程的财源来龙去脉，分别疑由台高铁董事长殷琪与交通银行董事长郑深池掌控。有关
工程预算挹注的部分，由郑深池负责；承包工程收钱部分，则由殷琪全部掌握。吴敦义说，殷琪曾指责
刘泰英是恶婆婆，但她也不是一个好媳妇，因为她把人民的钱都收到自己的口袋里。
在前
台北市副市长欧晋德将取代殷琪任高铁董事长之际，导致外界产生政府要接管高铁的印象，
民进党则批评是因为殷琪促成达赖访台所进行的秋后算帐。国民党“立委”
罗淑蕾则指出，高铁是一大骗局，让殷琪下台是帮她解套，高铁至今亏损4千多亿元台币，政府让殷琪落跑，亏损由全民买单，这样可以吗？
罗淑蕾指出，当初以殷琪为首的五大股东以“政府零出资”拿下台湾高铁的标案，政府更要把这个烂摊子交给全民，怎么可以让这五大股东安全下庄？况且，对这五大股东来说，每人再出个200亿不是问题，以富邦集团来说，可是台湾首富的第二名，热衷前进中国大陆投资，对于让他们发迹的台湾竟然是如此？
国民党“立委”
邱毅也痛批，高铁是个世纪大骗局，殷琪过去8年与陈水扁勾勾搭搭，搞出了个高铁的财务大洞，让两岸关系失温，“
监察院”不需要调查，好好查查这些人的关系吗？