毕祖晖，东平须昌（今山东省东平县）人。北魏大臣，殿中尚书毕元宾之子。

早有器干，自奉朝请，稍迁镇远将军、前军将军、直后。正始年间，除龙骧将军、东郡太守。入为骁骑将军，加征虏将军。后试守渤海郡。熙平中，拜颍川太守。神龟初，除右将军、豳州刺史。入为平东将军、光禄大夫。

正光五年，豳州民反，招引陇贼，攻逼州城。以毕祖晖前在州日得民情和，复授平西将军、豳州刺史，假安西将军，为别将以讨之。毕祖晖且战且前，突围入治。孝昌初年，北海王元颢救援，城围始解。以全城之勋，封新昌县开国子，食邑四百户。后值萧宝夤退败，毕祖晖乃拔城东趣华州，坐免官爵。寻假征虏将军，行豳州事。建义中，诏复州爵，加号抚军将军。

参考《魏书 卷六十一 列传第四十九 毕众敬 》