氨基酸脱水缩合是一种由两个氨基酸分子之间发生的缩合反应，其中生成的水分子中的氢来自于氨基和羧基。

氨基酸分子结合的方式是由一个氨基酸分子的羧基（—COOH）和另一个氨基酸分子的氨基（—NH2）结合连接，同时脱去一分子水，这种结合方式叫做脱水缩合。连接两个氨基酸分子的（—NH—CO—）其中左数的第二个“—”是叫做肽键的化学键，具有部分双键性质。

其中生成的水分子中的氢来自于氨基和羧基

以此类推，有多个氨基酸分子缩合而成的，含有多个肽键的化合物，叫做多肽。多肽通常呈链状结构，叫做肽链。肽链能盘曲、折叠，形成有一定空间结构的蛋白质分子。许多蛋白质分子含有几条肽链，它们通过一的化学键互相结合一起。这些肽键不呈直线，也不在同一个平面上，形成更为复杂的空间结构。例如，胰岛素是一种蛋白质，含两条肽链。

连接两个氨基酸分子的化学键叫肽键。由两个氨基酸分子缩合而成的化合物，叫做二肽（含有一个肽键）。以此类推，由多个氨基酸分子缩合而成的，含有多个肽键的化合物叫做多肽。

在细胞内，每种氨基酸的数目成千上百，氨基酸形成肽链时，不同种类氨基酸的排列顺序千变万化，肽链的盘曲，折叠方式及其形成的空间结构千差万别，因此，蛋白质分子的结构是极其多样的。这就是细胞中蛋白质种类繁多的原因。

脯氨酸的脱水缩合

脯氨酸较为特殊，它没有自由的α-氨基。脱水缩合时，虽同样脱去两个H原子和一个O原子，但所形成的肽键中没有-NH-，其N原子不直接连接H原子，而与三个C原子相连。

关于氨基酸脱水缩合的计算

1、蛋白质中的肽键数=脱去的水分子数=氨基酸个数-肽链数

2、蛋白质的相对分子质量=氨基酸分子个数×氨基酸平均相对分子质量-18（×脱去的水分子数）

3、若已知多肽中氮原子数为m，氨基个数为n，则缩合为该多肽的氨基酸数目为m-n+肽链数。

4、若已知多肽中的氮原子数为m，则缩合成该多肽的氨基酸数目最多为m。

5、蛋白质中氨基数=R基上氨基数+肽链数=各氨基酸中氨基总数-肽键数

6、蛋白质中羧基数=R基上羧基数+肽链数=各氨基酸中羧基总数-肽键数

7、C原子数=R基中C原子数+氨基酸个数×2

8、H原子数=各氨基酸中H原子的总数-脱水水分子数×2=R基中H原子数（+氨基酸个数+肽链数）×2

9、O原子数=各氨基酸中O原子的总数-脱水水分子数=R基上的O原子数+氨基酸个数+肽链数

10、N原子数=各氨基酸中N原子的总数=R基上的N原子数+肽键数+肽链数

（1）脱水缩合产生的H2O中的H来自于-COOH和-NH2，而氧则只来自于-COOH。

（2）一条肽链上至少有一个游离的氨基和一个游离的羧基，并分别位于肽链的两端。

（3）R基中的-NH2或-COOH不参与主链中肽键的形成，故多余的-NH2或-COOH位于R基中。