2011年1月5日，农业部令[2011]第1号公布了《水产种质资源保护区管理暂行办法》（以下简称《办法》），这对于强化和规范水产种质资源保护区管理、保护重要水产种质资源及其生存环境、促进渔业可持续发展和国家生态文明建设将发挥重要作用。

水产种质资源保护区是指为保护水产种质资源及其生存环境，在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定并予以特殊保护和管理的水域、滩涂及其毗邻的岛礁、陆域。

近年来，针对工程建设等人类活动大量占用、破坏重要水生生物栖息地和传统渔业水域，严重影响渔业可持续发展和国家生态文明建设的严峻形势，我部在大力组织开展增殖放流、休渔禁渔等水生生物资源养护措施的同时，根据《渔业法》等法律法规规定和国务院《中国水生生物资源养护行动纲要》要求，自2007年起积极推进建立水产种质资源保护区，目前已审定公布四批共220处国家级水产种质资源保护区。这些保护区可保护上百种国家重点保护渔业资源及其产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等关键栖息场所10多万平方公里，初步构建了覆盖各海区和内陆主要江河湖泊的水产种质资源保护区网络。划定水产种质资源保护区是协调经济开发与资源环境保护的有效手段，对于减少人类活动的不利影响、缓解渔业资源衰退和水域生态恶化趋势具有重要作用，取得了良好的生态效益和社会效益。

1.按行政层级分：

国家级水产种质资源保护区和省级水产种质资源保护区

2.按保护对象资源状况、自然环境及保护需要分：

水产种质资源保护核心区和水产种质资源保护实验区

（一）国家和地方规定的重点保护水生生物物种的主要生长繁育区域；

（二）我国特有或者地方特有水产种质资源的主要生长繁育区域；

（三）重要水产养殖对象的原种、苗种的主要天然生长繁育区域；

（四）其他具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域。

1.省级水产种质资源保护区

（1）由县、市级人民政府渔业行政主管部门征得本级人民政府同意后，向省级人民政府渔业行政主管部门申报。经省级水产种质资源保护区评审委员会评审后，由省级人民政府渔业行政主管部门批准设立，并公布水产种质资源保护区的名称、位置、范围和主要保护对象等内容。

（2）省级人民政府渔业行政主管部门可以根据需要直接设立省级水产种质资源保护区。

2.国家级水产种质资源保护区

（1）合条件的省级水产种质资源保护区，可以由省级人民政府渔业行政主管部门向农业部申报国家级水产种质资源保护区，经国家级水产种质资源保护区评审委员会评审后，由农业部批准设立，并公布水产种质资源保护区的名称、位置、范围和主要保护对象等内容。

（2）农业部可以根据需要直接设立国家级水产种质资源保护区。

3.拟设立的水产种质资源保护区跨行政区域或者管辖水域的，由相关区域地方人民政府渔业行政主管部门协商后共同申报或者由其共同上级渔业主管部门申报，按照上述规定的程序审批。

农业部

水产种质资源保护区由所在地县级以上人民政府渔业行政主管部门管理。

（一）制定水产种质资源保护区具体管理制度；

（二）设置和维护水产种质资源保护区界碑、标志物及有关保护设施；

（三）开展水生生物资源及其生存环境的调查监测、资源养护和生态修复等工作；

（四）救护伤病、搁浅、误捕的保护物种；

（五）开展水产种质资源保护的宣传教育；

（六）依法开展渔政执法工作；

（七）依法调查处理影响保护区功能的事件，及时向渔业行政主管部门报告重大事项。