水产科学重庆市市级重点实验室依托西南大学建立。是培养水产学及其相关学科的高级专门人才的重要基地；是从事水产学基础、应用基础和应用研究的重要基地；是长江上游重要特有鱼类移养驯化、养殖新品种培育、人工繁殖的重要基地。现任实验室主任张耀光教授，学术委员会主任谢小军教授。
实验室面积近1000㎡，有集约化循环水养殖车间，鱼苗培育系统，试验鱼池，养殖水面10多亩。有价值1000万元的大型精密仪器以及独立研制的流水式鱼类呼吸仪、人工循环水养殖系统、生物过滤系统。
实验室将依托
水生生物学博士学位授权点和重庆市水生生物学重点学科,努力将其建成特色明显，全国一流的重点实验室。欢迎国内外学者来访问及合作研究。
该实验室系统地完成了长江、嘉陵江、渠江、涪江、乌江及金沙江流域的水产资源调查，收集鱼类240余种，整理和保存标本3万余份。以我国的经济鱼类、名优特产鱼类、濒危鱼类，特别是鲟鱼类和鲇鱼类为研究对象，开展了系统而深入的渔业生物学及其与渔业增殖和新品种选育有关的基础理论、应用基础和开发研究。开创了国内鱼类能量学研究的新领域，有关鱼类呼吸代谢、能量收支平衡、繁殖能量分配模式的生态适应机理等研究成果达到国际领先水平。成功地将长吻鮠、南方鲇开发为名特优养殖鱼类新品种，培育出了我国特有的高档养殖鲇类。
近五年承担各类科研项目40余项，其中
国家自然科学基金6项；研究成果获
国家自然科学奖三等奖1项，教育部提名国家科学技术奖自然科学奖一等奖1项，
重庆市人民政府科技进步奖一、二等奖各1项。SCI收录学术论文30余篇，出版专著教材5部。
长期与美国大湖渔业委员会、英国Stirling大学、加拿大国家水环境网络基金会、加拿大Queen,s University、日本国立基础生物研究所、荷兰乌德勒支大学、以色列巴依兰大学、
香港中文大学、中科院水生生物研究所等有密切的合作关系。先后有20多位外国同行来访，10多人次出国访问、合作研究，并与日本、香港的大学等联合培养博士研究生。 实验室有固定研究人员20人，其中教授8人，副教授5人，博士生导师5人，8人有博士学位。有全国“百千万人才工程”第一、二层次人选1人，重庆市水产科学、
水生生物学学术技术带头人各1人。在读博士、硕士研究生40余人，访问学者2人。