水的微生物污染参数是指用微生物检验反映水受人粪或病原体污染的水质参数。一般采用的有大肠菌群和细菌总数。大肠菌群的检出，表明水已受人粪污染，至于细菌总数，则反映受一般细菌污染的程度。

大肠菌群不都来自人粪，有的来自土壤或其他来源。因此，又有采用粪性大肠菌群和粪性链球菌群为水质参数的。同大肠菌群的检验方法相比，粪性大肠菌群的培养温度是44.5°C，而不是37°C或35°C。

随着技术的发展和生活水准的提高，已经开始把病毒列入水质参数。人粪中有多种病毒（例如传染性肝炎病毒），而它们抵抗消毒的能力强于大肠菌群，因此危害性大于病原细菌。由于浓度往往很低，试样需先浓缩，然后检验。浓缩和检验需要专用设备，故还未普及。各国对生活用水一般都有明确的水质标准，普通采用细菌总数和大肠菌群作为参数。有些国家也采用粪性大肠菌群或粪性链球菌群为水质参数。还有采用辅助性或补充性的其他微生物参数的。当城市污水回用于城市给水时，病毒应列为参数。对与人体直接接触的娱乐用水（例如游泳池、天然浴场的水），微生物污染参数类似生活用水，但标准要低得多。游泳和淋浴用水还可能传染眼、耳、鼻、喉、皮肤等方面的疾病，但未见规定相应的微生物污染参数。有的国家对某些水产（如蠔）养殖用水制定了微生物标准。