江苏省农业科学院园艺研究所始建于1932年，历经中央农业实验所园艺系→华东农业科学研究所园艺系→中国农科院江苏分院园艺系→江苏省农科院园艺室→1978年成立江苏省农科院园艺研究所。

2002年全院改革，园艺所定位为非营利性研究所，主要从事桃、草莓、葡萄、梨等果树种质资源的收集、保存、鉴定评价与利用以及新品种选育研究；果树栽培新技术、新模式研究；中高档盆花及彩叶观赏苗木新品种选育研究；景观设计规划；园艺作物科技服务。建有国家果树种质南京桃、草莓资源圃，国家农业科技华东（江苏）创新中心——高效园艺作物遗传改良实验室，江苏省果树种质资源基因库。

现有职工41人，其中科技人员30人；具有高级职称16人，其中研究员7人，副研究员9人；具有硕士以上学位26人，其中博士（含在读）9人。1人被评为江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科技领军人才，2人被评为江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人；2人被省政府授予“江苏省有突出贡献的中青年专家”；在国家农业产业技术体系建设中，1人为研究室主任，3人列入岗位科学家，3人获批综合试验站站长。

园艺所现有试验田380亩，其中院本部160亩，主要用于种质资源保存及新品种选育；院溧水示范基地220亩，重点展示园艺所的新品种、新技术。同时，在盱眙、无锡、东海、海安、常熟等省内不同产区建立了20余个试验示范基地，用于技术成果推广示范。年均主持承担国家、部、省级各类科研项目40项左右，先后育成果树、花卉新品种30多个，在省内的推广应用覆盖率达60%以上，在其他省市也得到大面积的应用，获国家、部、省各类科技成果奖30余项。