河海工程专门学校在南京于1915年由中国近代著名实业家、教育家张謇创办，是中国第一所培养水利人才的高等学府，开创了中国水利高等教育的先河。奉行“实业救国”、“教育救国”的宗旨，力主培养水利工程人才，兴建水利建立。

鸦片战争后，我国内忧外患交相危害，国贫民弱，众多水利工程年久失修，公共工程建设事业废弛，洪旱灾害频发。尤其是原本富庶的黄淮海平原，由于历史上黄河多次决口改道，严重破坏了水系，几乎无年无地不遭水患。清末民初，社会各界治水的呼声日益高涨，以导淮为中心的水利建设问题被提上了议事日程。同时，面对列强的侵略和国家民族的危亡，许多怀抱救国救民理想的志士仁人力主学习西方的科学技术，富国强民，纷纷兴学校，办教育，开民智，培养各种专业人才的实用教育也开始兴起。

这一时期，近代著名实业家、教育家张謇先生奉行“实业救国”、“教育救国”的宗旨，力主培养人才。在任北洋政府实业总长、兼全国水利局总裁的1914年，即着手创建一所培养水利技术人才的学校，其多方呼吁，亲自联络，筹措经费，商定校址，聘请教师，审定办学方案。当时，办学经费问题是首要难题，张謇数次呈文申请财政拨款均无答复，于是他提出一个解决燃眉之急的折中办法，即由国家承担开办之初应急资金2万元，每年的经常费用3万元则先由江苏、浙江、山东、河北四省均摊，四省选送的学生可免交学费，并可优先接受学校毕业生；待中央财政好转后再给学校拨款。呈文获准后，张謇又亲自出面与四省当局商定具体办法。但实际上中央财政一直未见好转，各省也往往不能如约拨款，致使学校经费经常窘迫拮据。

为节省开办费用，尽快招生开学，张謇决定临时借用校舍，并利用曾任江苏省咨议局议长的影响，借下了江苏省咨议局（即现湖南路南京警备司令部）的房屋，解决了校舍问题。

张謇先后聘请著名教育家、时任江苏省教育司司长的黄炎培和前都督府秘书沈恩孚为学校筹备正、副主任（开学后仍任评议），聘请留美归来的许肇南为校长，并聘任了李仪祉、杨孝述、沈祖伟、顾维精、刘梦锡、伏金门等一批教职员，其中多为留学欧美大学的工科毕业生，不少是蜚声我国教育界、科技界、水利界的前辈和名流。

1915年3月15日，河海工程专门学校隆重举行开学典礼，张謇专程从北京赶到南京参加典礼。这是我国历史上第一所培养水利技术人才的高等学府，是辛亥革命后南京地区第一所招生开课的高校，学校隶属全国水利局，并由全国水利局转咨教育部立案照准。

1924年，东南大学工科并入河海工程专门学校，学校更名为河海工科大学，仍隶属全国水利局，由著名工程学家、教育家茅以升任校长。1927年至1937年期间，学校建制多次调整，1937年成为中央大学水利系，1949年成为南京大学水利系。

从并入国立中央大学之前的14年里，该校历年所造就的专门人才共400多人，为我国诸多水利事业作出重要贡献。其中涌现出了沈百先、汪胡桢、须恺等近代著名的水利工程大家。

1949年，新中国成立后成为国立南京大学水利系、南京大学水利系。1952年，由南京大学、交通大学、同济大学、浙江大学以及华东水利专科学校的水利系科合并成立“华东水利学院”。1985年，恢复传统校名“河海大学”，邓小平同志题写校名。

1995年，河海大学80周年校庆，江泽民、李鹏、李岚清、钱正英等党和国家领导人分别为学校题词。

2005年，河海大学90周年校庆，温家宝同志亲赴学校指导视察并演讲，对广大师生提出了“献身、求实、负责”的要求，并引经据典地阐述了6个字的丰富内涵和重要意义；2009年5月3日，温总理在视察清华大学时谈到，自己讲得最好的演讲有两次，其中一次就是2005年在河海大学的讲话。

河海工程专门学校在建校之初首先确定了三条教育方针，作为学校各项工作的依据和准绳：（1）注重学生道德思想，以养成高尚之人格；（2）注重学生身体健康，以养成勤勉耐劳之习惯；（3）教授河海工程必需之学理技术，注重自学辅导、实地练习，以养成切实应用之知识。对教师和教学工作的要求是：（1）聘请富有工程经验而热心教学者为师；（2）注重教学方法，使学生能活用理论，而不专致力于记诵；（3）广储仪器设备，以供学生实验；（4）组织参观工程以资感发，派遣实习以增阅历。对于学生，则强调两点：（1）必自问志愿，实有从事河海工程事业之决心然后来学；（2）必自审体格，足胜从事河海工程事业之劳苦然后来学。

学校还请著名文学家柳诒征创作了校歌：

钟灵毓秀石头城，人才蒸蔚起。

河疏湖蓄水利兴，工学昌明时。

横流浩劫永断绝，拯救数兆黎。

大哉河海奔前程，毋负邦人期。

普下利物沐群生，智者惟乐水。

乘辇山行乘橇泥，祖述神禹绩。

天下有溺犹己溺，此志毋稍弛。

大哉河海奔前程，毋负邦人期。

因歌词辞义深奥，学生不易理解，故学生进校后首先对校歌及意义作讲解，以进行爱学校、爱水利专业的教育。

河海建校第一年共招收中学毕业生80人，编为两个班，学制四年。为应导淮急需，选择其中数学、英文成绩较好者办了一期特科，学制两年，“授于切要功课，冀急可致用”。以后历年在校学生约200人左右。学校设有教务部、事务部、进德部、出版部、注册处、图书馆等部门，建有水力实验室、材料实验室、物理实验室、化学实验室、测量仪器室、模型陈列室、地质标本室等教学单位，开设了国文、英文、图画、数学、物理、化学、测量、地质、力学、机械、路工、结构、水工、经济、管理、体育等42门课程，采用的多为美国教材。学校每学期及暑假期间都组织学生到水利工地进行实习实践，到江河湖海开展调查研究；还经常应政府和社会要求选派师生支援各地水利建设和抗洪救灾，屡获表彰并有数十人被授予“河工奖章”。当时的河海工程专门学校因师资力量强、学生管理严、教学质量高，形成了团结、爱国、谨严、朴实的校风，而深得社会好评，成为国内工科院校的佼佼者。