济南大学高等教育研究院的前身是
山东建筑材料工业学院1987年成立的高等教育研究室，2003年更名为济南大学高等教育研究所。为进一步提升高等教育研究水平，更好地服务于山东省乃至全国高等教育发展事业，济南大学于2013年10月在高等教育研究所的基础上成立了高等教育研究院，聘请潘懋元先生任高等教育研究院名誉院长、学术委员会名誉主任，别敦荣教授为学术委员会主任以及国内20多位知名专家为学术委员会委员。研究院下设高等教育理论研究所、大学课程与教学研究所、高等教育政策与评估研究所、大学生心理研究所、民办高等教育研究所、高等职业教育研究所等6个研究所和《高教资讯》、《高等教育论坛》编辑部。
研究院现有专兼职研究人员26人，其中教授（研究员）11人，副教授6人，具有博士学位者15人，在读博士10人。具有高等教育管理学学术硕士、教育学专业硕士招生培养权，建有山东省“十二五”高校
人文社会科学研究基地——“济南大学高等教育研究中心”。2014年，
济南大学高等教育研究院成为
山东省高等教育学会秘书处。
2007年以来，研究院在重大高等教育改革调研与政策研究、学术团队建设、服务学校教学改革等方面取得了丰硕的成果。近五年来，高教院研究人员主持了29项国家级、省级研究课题，其中，主持国家社科基金教育学项目5项；教育部基金8项；山东省软科学重点项目1项、一般项目6项；省社科规划重点项目2项，一般项目7项；山东省政府购买服务项目2项，高校委托项目2项。在《教育研究》《高等教育研究》《
外国教育研究》《
中国高教研究》等CSSCI期刊上发表论文120余篇，《新华文摘》、人大复印资料全文转载或摘录10余篇，出版了学术著作8部，获得省部级奖励一等奖2项，二等奖4项。2011年获得山东省高等教育学会“首届山东省优秀高等教育研究机构”称号；同年度还获得
中国高等教育学会“第三届全国优秀高等教育研究机构”称号。