浙江省舟山海洋生态环境监测站是公益类事业单位，由省环保局和舟山市政府双重领导。

浙江省舟山海洋生态环境监测站是1987年由国家环保局和浙江省人民政府批准在原舟山市环境监测站的基础上建立的，是全国环保系统目前唯一的专业海洋生态环境监测一级站。本站具有独立法人资格，行政上隶属浙江省环境保护局和舟山市人民政府的领导，业务上受中国环境监测总站和浙江省环保厅指导，是具有技术监督管理职能的社会公益性事业单位。1994年国家环保局组建近岸海域环境监测网，舟山海洋生态站任组长单位。1997年6月国家环保总局在本站挂牌 “国家环保总局近岸海域环境监测网中心站”， 2002年6月调整为“中国环境监测总站近岸海域环境监测中心站”， 是全国近岸海域环境监测网络的技术中心、信息中心和管理中心。2002年省环保局批复设立浙江省海洋生态环境科学研究所。

本站占地7.8亩，办公、实验楼总建筑面积3000余平方米，新建实验楼占地5720.5平方米，总建筑面积11937.8平方米。计划于2013年3月迁入。实验室配置有高效液相色谱、气相色谱-质谱联用仪、原子吸收分光光度计、有机碳分析仪、荧光生物显微镜等大型仪器。本站还拥有一艘专业性海洋生态环境综合考察监测船，船上配有基本的通讯、导航设备和3个海洋环境调查监测实验室。配备一辆环境应急监测车,车上配有大气自动监测系统、气象系统、便携式气相色谱仪、多参数水质监测仪、辐射监测仪、应急监测箱及应急数据传输系统。

（一）贯彻执行有关环境保护和监测的方针、政策、法律法规，严格执行国家有关环境标准和监测方法，制订浙江省近岸海域生态环境监测和舟山市环境监测的中长期规划和年度工作计划，并组织实施。

（二）组织开展浙江省暨舟山渔场近岸海域入海污染源的调查监测，负责开展浙江省重点入海污染源排放口和主要海岸工程的海域（含潮间带）生态环境（包括海水水质、海洋沉积物、海洋生物）影响监测。

（三）负责开展浙江省暨舟山渔场近岸海域（含潮间带）生态环境（包括海水水质、海洋沉积物、海洋生物）质量监测，开展海洋生物资源调查，进行近岸海域生态环境质量综合评价分析和变化趋势预测。

（四）负责开展舟山市重点工业污染源监测、排污收费监测和地表水、环境空气、噪声等环境要素的监测。

（五）负责浙江省近岸海域环境监测网的日常管理和组织协调；负责管理全省海洋环境监测数据，编写浙江省暨舟山渔场近岸海域环境质量期报、年报和各类专题报告。

（六）负责开展浙江省近岸海域和舟山市陆域突发性污染事故的应急监测和污染纠纷仲裁监测；负责开展浙江省海洋环境自然灾害的调查监测，重点开展赤潮的监测和预报工作。

（七）承担省环保局管理的海岸工程建设项目和舟山市环保局管理的建设项目的环境影响验证性监测评价、环境现状监测，环保治理设施竣工验收及“三同时”运转效果监测和限期治理验收监测。

（八）承担上级部门下达的环境科学研究项目，开展入海污染源和海岸工程对海洋生态环境的影响研究，赤潮的监测和防治研究，有关受控生态毒理实验和主要污染物的生物地球化学监测研究和其它监测科研工作。

（九）负责全国近岸海域环境监测网的日常管理。参与制订全国近岸海域环境监测计划和技术方案，参与海洋环境标准、技术规范、监测方法的研究、制订和验收工作。

（十）组织开展东海近岸海域环境质量监测、事故应急监测、入海污染源调查工作，并具体承担跨省、市海域环境质量监测工作。

（十一）承接有关单位委托，开展有关环境监测和环境影响评价工作。

（十二）承办上级主管部门交办的其它事项。

1996年本站通过国家级计量认证，并于2001年、2006年通过计量认证复审，2005、2008、2011年通过扩项监督评审，监测工作质量管理体系日臻完善。开展的监测项目包括水（含大气降水）和废水，环境空气和废气，土壤、底质、固体废弃物，噪声与振动，海水、海洋沉积物、生物体，海洋生物，窒内空气、电磁辐射、电离辐射等10大类，272项，402个参数。从事海洋环境监测工作十多年来，经历了由小到大、由弱到强的发展过程，海洋生态环境监测技术手段和技术力量逐步得到加强，具备饮用水109项全项目监测分析能力及全面开展海洋生态环境调查监测、进行海洋生态环境监测研究和参与国际合作项目的条件和能力，以适应和满足海洋环境管理工作的需要。