2008年经国务院单独行文批准设立
淮安出口加工区，10月正式封关运作。它是淮安市第一个由国务院批准的“国字头”区域，享受国家赋予的系列特殊优惠。2009年国务院正式发文同意全国出口加工区叠加
保税物流功能。从此淮安出口加工区将具有保税加工、保税物流、货物贸易、服务贸易等四大功能，由原来单一的加工功能转变为拥有完整产业链的多重功能，成为国家所有对外开放区域中层次最高、政策最优惠、功能最齐全的特殊经济区域。淮安出口加工区叠加保税物流功能的获准，将吸引更多先进制造业和生产型现代服务业入区发展，企业可以开展保税加工出口业务、国外采购保税仓储业务、国内采购出口集运业务、国际分拨及配送、中转及转口贸易、“一日游业务”（出口复进口）以及研发和检测、维修业务。拓展保税物流功能后，淮安出口加工区发展定位是服务区内企业为主，加强联动区外企业，进一步辐射全市乃至苏北、鲁南、皖中、豫东地区众多企业，成为集进出口货物集散分拨中心、周转交易中心为一体的现代保税物流基地。
2012年7月19日，国务院正式下文批准设立淮安综合保税区。淮安综合保税区是由原先的淮安出口加工区升级而成，综合保税区拥有研发加工制造、口岸作业、仓储物流、国际中转、转口贸易等九大功能，是国内开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、运作最灵活、通关最便捷的
海关特殊监管区域。也是江苏省长江以北第一家在出口加工区基础上转型升级而成的综合保税区。综合保税区对淮安全市及江苏北部地区发展将发挥重要的政策服务、大项目聚集和国际化平台作用。
淮安综保区将由原先的1.36平方公里单块园区发展成包括2个片区、共4.92平方公里的“一区两片”格局（即出口加工区周边的南片区和空港北片区）。根据规划，淮安综合保税区设保税物流、
先进制造业、配套项目和口岸作业等四个功能分区，重点发展以IT为代表的先进制造业及以保税物流为主的现代
生产性服务业，同时与淮安空港、运河口岸、连云港港口等实现联动互通，形成全国重要的电子信息制造业基地和国际化现代物流基地，有力推动淮安乃至周边地区
开放型经济的快速发展。
联合验收组组长、海关总署加贸司副司长吴海平和省政府副秘书长张吉生分别代表验收组和
江苏省人民政府签署淮安综合保税区（一期）基础和监管设施验收纪要。南京海关副关长王杰、市长曲福田、副市长陈涛等出席了验收活动。
吴海平代表联合验收组向淮安综合保税区顺利通过验收表示热烈祝贺。他说，淮安综合保税区通过验收后，将为进一步发展
开放型经济、优化产业布局创造条件，为淮安乃至苏北外向型经济发展提供新的平台。希望有关各方紧紧抓住有利时机，在严格管理、规范运作的前提下，积极承接产业转移，促进产业升级，最大限度地发挥淮安综合保税区的综合效益。
张吉生说，希望淮安以综合保税区封关运作为新起点，进一步优化发展环境，加大招商选资、招才引智力度，加快经济结构调整，努力学习省内外先进综合保税区的成功经验，加强管理，勇于创新，提高服务水平，为推动地方经济社会发展作出新的更大贡献。
“综合保税区这一国字号金字招牌正式落户淮安，来之不易、十分珍贵。”曲福田表示，淮安将倍加珍惜国家有关部委和省委省政府对周总理故乡的关心厚爱，用心擦亮这块金字招牌，紧紧围绕“江北争第一、全国创一流”的发展定位，高起点制定完善综合保税区总体建设规划、产业发展空间规划和周边区域城市功能规划以及交通、口岸等专项规划，进一步明确功能定位和产业定位，努力将淮安综合保税区建设成为开放度高、功能完善、管理先进、服务高效、在全省乃至全国一流的综合保税区。