生态清洁型小流域治理是小流域综合治理的发展和完善。

工程建设应以水土流失综合治理为基础，全面做好流域治理、生态修复、水系整治和人居环境改善，建立面源污染控制、人为水土流失防治等管理制度，加强相关监测评价等。

小流域治理工程是通过结合当地实际，实施坡耕地改造，修建水窖、水塘和坡面灌排水系等小型水利水保工程。营造水土保持林草，建设乔灌草相结合的入库（河）生物缓冲带。通过工程措施和生物措施，减少土壤侵蚀，发挥梯地、林草植被等水土保持设施控制和降解面源污染的作用。而生态清洁型小流域治理是在有条件的地方，实施封山禁牧、封育保护，加强林草植被保护，防止人为破坏。要充分依靠大自然的力量恢复植被，改善生态环境，涵养水源，保护水资源。