2012年根据卫办人（2012）2号文件，《温州医学院学报》论著在
浙江省评审卫生高级专业技术资格医学卫生刊物名录中列入一级。
2013年，
浙江省新闻出版局发文，同意《温州医学院学报》由双月刊变更为月刊；同年，根据国家新闻出版广电总局新出审字﹝2013﹞1239号文批复，《温州医学院学报》更名为《温州医科大学学报》。
《温州医科大学学报》被国家科技部科学技术信息研究所评为《
中国科技论文统计源期刊》、《中国科技核心期刊》。1990年3月，中国科学技术情报研究所通知，确定《温州医学院学报》列为中国科技论文统计源期刊。被中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、
中国生物医学文献数据库、
中国期刊网、万方数据数字化期刊、美国《
化学文摘》、波兰《
哥白尼索引》等数据库收录。2017年入选温州医科大学期刊定级名录（人文社科类2017版）2A期刊。
据2018年4月
中国知网显示，《温州医科大学学报》总被下载345990次、总被引13946次、（2017版）复合影响因子为0.564、（2017版）综合影响因子为0.449。
据2018年4月
万方数据知识服务平台显示，《温州医科大学学报》被引量为10692次，下载量为95381次；2015年影响因子为0.76，在全部统计源期刊（6735种）中排名为第1672名，在大学学报（医药卫生）（114种）中排名为第56名。