一直从事小儿外科工作。1987年任儿外科主任，1995年担任温州医学院附属第二医院暨育英儿童医院副院长，1997年任院长，98年兼医院党委书记，2000年担任温州医学院副院长，兼任附属第二医院院长。2010年兼任温州医学院附属第一医院院长，2013-2017年教育部高等学校教学指导委员会委员（法医学类专业教学指导委员会）委员，2002年创立浙江省第一家医学司法鉴定中心——温州医学院司法鉴定中心并兼任主任至今，同时担任卫生部内镜专业培训基地主任。
近20多年来，陈肖鸣医师在治疗小儿微创外科、小儿先天性畸形疾病（如巨结肠、胆总管囊肿、尿道下裂等）、小儿肿瘤、创伤等积累了丰富的临床经验。他大胆引进国内外新技术，并率先在浙南地区开展了小儿微创手术，新生儿外科手术、新生儿肠外营养等。如一位来自鹿城区的男孩，刚出生就发现是先天性腹裂，立即送到儿童医院儿外科手术治疗，孩子小，风险大，尤其在80年代末，死亡率非常高。在陈肖鸣医生的主刀下，手术有条不紊地进行麻醉、腹裂修补……，手术非常成功，从此开创了温州地区先天性腹裂的先河。现在该小孩已15岁，像正常儿童一样上学读书。
现在作为
温州医学院党委副书记的陈肖鸣，是小儿外科研究生导师。他没有放弃自己的专业，主持了省部级科研课题及温州市重大攻关项目，发表学术论文30多篇，作为副主编参与编写《小儿实体肿瘤治疗规范》及《医院绩效管理》，并担任多部学术专著编委，入选温州市跨世纪学术和技术带头人，至今培养了研究生10多人，分别在国内外医疗及科研机构工作。
陈教授同时担任了
中华医学会小儿外科学分会委员，小儿肿瘤学组副组长，小儿肝胆学组委员，中国优生科学学会理事，国家教育部法医学教学指导委员会委员,中华医学会第三届中华医学科技奖评审委员会委员,中国医院协会科技创新奖评审专家，浙江省医学会常务理事暨小儿外科分会主任委员和卫生法学与伦理分会副主任委员，浙江省抗癌协会副主席暨小儿肿瘤专业委员会副主任委员，浙江省教育厅预防医学与护理学等专业教学指导委员会主任委员，浙江省医院协会副会长，浙江省性学会副会长，还担任浙江省医师协会常务理事，浙江省优生优育协会常务理事，，浙江省卫生经济学会常务理事，浙江省医师资格考试领导小组成员，中华医学会医疗事故鉴定专家和浙江医学会医疗事故鉴定专家，温州医学会副会长，温州市法学会副会长，温州医院管理协会副会长.温州市医师资格考试领导小组成员，
《
中华小儿外科杂志》编委；《温州医学院学报》和《肝胆胰外科杂志》副主编；《浙江医学杂志》、《浙江临床医学杂志》、《浙江实用医学杂志》和《医院管理论坛》、《实验动物和比较医学》等杂志编委。
此外，陈教授担任的社会职务有浙江省政协委员，浙江省侨联常务理事，温州市红十字会常务理事，温州市政协委员，温州市永乐医疗救助和医药农业科技奖励基金会理事长,世界温州人联谊会常务理事，世界温州人微笑联盟执行会长，
温州市人民对外友好协会第四届理事，温州市教育国际交流协会第一届常务理事会副理事长。