温州医科大学药学院是温州医科大学的二级学院。

2001年，温州医学院成立温州医学院药学院。药学专业设立并开始首届招生。药理学硕士点随药理教研室划归药学院，以药学院名义开始招收第一届硕士研究生。

2003年，温州医学院成立药学实验中心。

2004年，温州医学院成立分析测试中心。中药学专业开始招生。成立执业药师继续教育中心，成为浙江省执业药师继续教育施教机构之一，具备了执业药师继续教育学分授予权，举办首期“执业药师继续教育”班。

2005年，国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地揭牌成立。

2006年，中药学一级硕士点获得批准，并招收首届中药学硕士研究生。

2007年，分析测试中心评为省级实验教学示范中心。

2008年，药学专业被评为浙江省重点专业。制药工程专业（生物制药方向）获批并首届招生。

2010年，药学专业被评为国家特色专业。药学一级学科硕士点获批。浙江省生物技术制药工程重点实验室顺利通过验收。药学实验教学中心被评为省级实验教学示范中心。

2011年，中药学专业学位点获批。开展建院十周年院庆。生物技术制药重点实验室被评为浙江省重点实验室。

2012年，临床药学新专业获批并首届招生。药学专业被评为浙江省“十二五”优势专业。浙江省基础课（分析测试）实验教学示范中心通过浙江省教育厅验收。浙江省药理学与生化药学重中之重学科建设（2009-2012）通过验收。成立由温州医科大学药学院牵头的“生物医药与创伤治疗”学组筹备组。药学院主导的产业平台温医实训大药房正式开业。

2013年，温州医学院药学院改名为温州医科大学药学院。温州医科大学与美国路易斯维尔大学就联合培养博士研究生签署了框架性合作协议。

2014年，药学获批浙江省重中之重一级学科。药学专业学位点获批。中华医学会创伤学分会“创伤药物与转化应用学组”正式成立。温医-康乐小分子新药研发中心成立。

2015年，正式招收首届联合培养博士生。开始招收首届药学留学本科生，是中国首个药学留学生的高校。原国家卫计委“重大疾病防治科技行动计划”落户温州医科大学。成立生物医药协同创新中心。成立创伤药物与转化应用学组。

2016年，药学专业接受教育部药学专业认证。制药工程专业调整为生物制药专业。

2017年，中药学专业被评为浙江省“十三五”特色专业。

2018年，获批药学一级学科博士点，药学浙江省重中之重一级学科通过验收。获国家科技进步二等奖、光华工程科技奖。由学院主导的2个一类新药通过药品注册研制现场核查并获得临床批件。成立温州医科大学杭州生物医药研究院、温州医科大学整合医药研究院、乐清生命健康产业园、诸暨生物医药研究院等。

2019年，新增中国工程院院士1人、国家杰青1人、国家“万人计划”科技创新领军人才1人、国家“万人计划”青年拔尖人才1人。获批设立药学一级学科博士后科研流动站。获批首个药学专业博士层次中外合作办学项目。

据2020年2月学院官网信息显示，学院有4个本科专业及1个四年制本科留学生药学专业，设有4个系。

本科专业：药学、中药学、生物制药、临床药学

系：药学系、中药学系、生物制药系、临床药学与药理系

据2020年2月学院官网信息显示，学院有1个一级学科博士后科研流动站、1个一级学科博士点、2个一级学科学术型硕士点、1个专业学位硕士点；1个学科先后入选浙江省重中之重一级学科（2013年）、浙江省一流A类学科（2015年）、浙江省重点建设大学优势特色学科（2016年）；化学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球前1%（2016年）。

一级学科博士后科研流动站：药学

一级学科博士学位授予点：药学

一级学科学术型硕士学位授予点：药学、中药学

专业学位硕士授予点：药学

浙江省重中之重一级学科：药学（2013年）

浙江省一流A类学科：药学（2015年）

浙江省重点建设大学优势特色学科：药学（2016年）

据2020年2月学院官网信息显示，学院有教职工147人，其中专任教师114人，正高26人，副高38人，博士93人，博士生导师18人，硕士生导师74人。拥有中国工程院院士1人、国家杰青1人、全国优秀科技工作者1人、国家“万人计划”科技创新领军人才2人、国家优秀青年基金获得者2人、全国优秀教师1人、教育部新世纪优秀人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、卫生部有突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴获得者2人、国家教学指导委员会委员3人、科技部中青年科技创新领军人才2人；浙江省特级专家1人、浙江省有突出贡献中青年专家1人、浙江省首批领军人才1人、浙江省教学名师2人、浙江省优秀教师3人、浙江省教坛新秀2人、浙江省“五一”劳动奖章1人、“钱江学者”特聘教授2人、浙江省自然科学基金杰青项目3人、浙江省医坛新秀2人、浙江省医药卫生高层次创新人才6人、浙江省卫生领军人才2人、浙江省151、温州市“551”一二层次人选、省中青年学科带头人等30余人，校优青杰青11人。

中国工程院院士：李校堃（专职）

国家新世纪百千万人才工程培养人员：李校堃

国家特支计划教学名师：李校堃

国家杰出青年基金获得者：林灼锋

国家“万人计划”科技创新领军人才：梁广、林灼锋

国家优秀青年基金获得者：梁广、肖健

国务院特殊津贴获得者：李校堃、金利泰

国家教指委委员：李校堃、仇佩虹、林丽、王晓杰

国家“万人计划”青年拔尖人才：黄志锋

全国优秀教师：仇佩虹

教育部新世纪优秀人才支持计划：李校堃

霍英东教育基金会第十四届高等院校青年教师奖：梁广

卫生部有突出贡献中青年专家：李校堃

科技部中青年科技创新领军人才：林灼锋、梁广

浙江省特级专家：李校堃

浙江省有突出贡献中青年专家：李校堃

浙江省首批领军人才：李校堃

浙江省“万人计划”科技创新领军人才：高红昌

浙江省“万人计划”青年拔尖人才：黄志锋

浙江省高等学校“钱江学者”特聘教授：李校堃、谭毅

浙江省教学名师：李校堃、叶发青

浙江省高校优秀教师：仇佩虹、林丽、胡国新

浙江省教坛新秀：林丽、王朝杰

浙江省教指委委员：李校堃、叶发青、仇佩虹

浙江省新世纪151人才工程

第一层次培养人员：李校堃、谭毅、王晓杰

第二层次培养人员：赵应征、梁广、肖健、黄志锋、金利泰

第三层次培养人员：叶发青、王朝杰、林丽、叶晓霞、高红昌、丛维涛、林灼锋、刘志国、张宏宇

浙江省高校中青年学科带头人：金利泰、梁广、肖健、黄志锋、高红昌、赵应征、丛维涛

浙江省卫生领军人才：李校堃

浙江省卫生高层次创新人才：李校堃、金利泰、梁广、肖健、赵应征、高红昌

浙江省医坛新秀：高红昌、丛维涛

内容不全

据2020年2月学院官网信息显示，学院有国家特色专业1个、浙江省重点专业1个、浙江省优势专业1个、浙江省“十二五”新兴特色专业1个、浙江省“十三五”特色专业1个、温州市重点专业1个；有国家精品课程1门，国家精品资源共享课1门，国家来华留学生品牌课程1门，浙江省精品课程4门；浙江省教学团队1个、浙江省创新团队2个；浙江省教学成果一等奖1项；浙江省高校重点建设教材4部，编著教材60多部，获批省厅级教改课题近20项；入选第三批全国高校实践育人创新创业基地；拥有1个浙江省实验教学示范中心和1个浙江省重点示范中心；具有野外见习基地6个，自主科技企业实习基地5家，附属医院和教学医院、校外医药企业实习基地60所；相继在附属医院药学部（药剂科）建立了18个临床药学教研室。

国家特色专业：药学

浙江省重点专业：药学

浙江省优势专业：药学

浙江省“十三五”特色专业：中药学

浙江省“十二五”新兴特色专业：生物制药

浙江省重点示范中心：浙江省药学实验教学重点示范中心

浙江省实验教学示范中心：浙江省分析测试实验教学示范中心

温州市重点专业：中药学

内容不全

据2020年2月学院官网信息显示，学院有1个浙江省重点实验室、2个其他实验室、1个浙江省协同创新中心；同时，建有2个国家研究基地。

国家研究基地：国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地、基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地

浙江省重点实验室：浙江省生物技术制药重点实验室

浙江省协同创新中心：浙江省生物医药协同创新中心

实验室：浙南特色中药重点实验室、生长因子药物开发浙江省工程实验室

据2020年2月学院官网信息显示，学院有获国家科技进步一等奖（2015年）、光华工程科技奖（2018年）、国家技术发明二等奖（2009年）、国家科技进步二等奖（2009年、2018年各1项）、中华医学科技一等奖（2008年）、教育部自然科学奖一等奖（2016）、教育部自然科学奖二等奖（2015）、教育部科技二等奖（2011年）、浙江省科学技术一等奖（2012年）、浙江省自然科学奖一等奖（2018年）等科技奖励。承担了包括国家重点研发计划、国家新药创制重大科技专项、863计划项目、973计划项目等各项国家重大项目，已立项国家自然基金共146项，其中国家“优青”项目2项，浙江省重点科技创新团队项目、浙江省重点研发计划等省部级以上课题120余项，发表SCI论文700余篇，授权发明专利70多项，以第一和通讯作者署名单位在Nature、Nature Communications、Mol Cell、Circulation、Cell Metabolism、J Am Coll Cardiol、J Hepatology等期刊发表多篇论文；2项科研成果搭载“神舟八号”进行太空实验。

据2020年2月学院官网信息显示，学院有实验室总面积8700余平方米。在浙江省重中之重学科建设经费（共1.4亿元）的支持下，实验研究仪器设备增多，拥有流式细胞仪、激光共聚焦显微镜、蛋白质四级杆质谱、分子-分子相互作用仪、液相色谱-质谱、600MHz核磁共振谱等科学仪器近百台，总价值达8500余万元。

据2020年2月学院官网信息显示，学院多次主办国际学术会议，如国际成纤维生长因子大会、香港肥胖与糖尿病论坛、中韩生物产业大会等国际大会。此外，多名本科生、研究生相继赴世界20余所国际高校和科研机构进行长短期学术交流。

2015年，温州医科大学药学院招收首届药学本科专业来华留学生；与英国布莱顿大学、美国路易斯维尔大学、泰国东方大学、日本北陆大学、韩国庆熙大学、韩国全南国立大学等国际高校开展了多项人才培养的合作项目。先后与美国纽约州立大学、美国路易斯维尔大学、美国德克萨斯农工大学、美国梅奥医学中心、中国香港大学等国（境）外高校合作，多次选派中青年教师赴美国、澳大利亚、中国台湾、中国香港等国家或地区开展学习交流。

温州医科大学药学院创建了中国国内首个由高校主导的、通过中国国家认证的中药材GAP基地；利用科研优势进行技术成果转化和服务地方经济建设，在学科内成立专门的新药开发部，相关新药开发成果相继转让安徽安科生物、上海新生源医药集团等企业；与石药集团恩必普药业、先声药业、浙江康乐药业建立合作研发项目和平台；学院科研人员利用自身新药技术在温州先后成立浙江格鲁斯特生物科技有限公司、温医天瑞温莪术技术开发有限公司、温州医科大学实训大药房、浙江生长因子有限公司、浙江康成医药管理有限公司等，开展产品研发。

温州医科大学药学院的院徽的内部图案以蓝色为底，形似繁体字药的形状，外围是温州医科大学药学院的中英文以及创办的年份。

药学院团委·学生会是在学院党委领导，学院团委指导下的学生自我服务、 自我教育、自我管理的组织，成立于2002年。

药学院580志愿者服务社成立于2006年，以“580·我帮你，让世界因互助而美丽！”为口号，开展“药芙”手工皂、“药洁”洗手液的自制活动，过期药品回收、新青年下乡、社会志愿服务、义卖捐助等公益活动。

药学院就业指导服务中心成立于2007年，在药学院党委领导下、学院学工办指导下开展工作，是一个致力于为学院学生提供就业信息、技能培训、职业导航的服务型学生组织。

药学院本科生创客社成立于2013年，是在药学院党委和团委指导下，致力于服务学院本科生科研创新人才培养、各类课题申报和创新创业竞赛的学生组织。

启航国际交流服务社成立于2015年，是温州医科大学首个学生国际交流服务组织，目的是提高药学院学生的国际交流意识，丰富学院学生国际交流活动，为学院培养具有国际视野的综合型人才而努力。

药学院记者团成立于2008年，致力于加大对学院学生工作的宣传力度，传递学院正能量。记者团设有摄影部和采编部两个部门。