湖南省水产科学研究所（Hunan Fisheries Science Institute）成立于1959年12月，归口管理湖南鱼类原种场、湖南中华鳖原种场和湖南鳜鱼原种场。
发展历史
1959年8月8日，湖南省农业厅党组向省委报告，请求成立湖南省水产科学研究所。
1959年12月4日，中共湖南省委批复同意成立湖南省水产科学研究所，所址开始筹建在长沙市郊区国营综合农场朝正大队马栏山，利用综合农场部分鱼池和房屋作为建所基础。
1960年10月，湖南省水产局为了确保科研与生产相结合，报请中共湖南省委批准，所址搬迁沅江县琼湖镇，原所址改设湖南省水产科学研究所长沙分所，继续从事科研生产工作。
1961年，湖南省农业厅党组研究，决定撤销长沙分所，原分所的科技人员、行管干部、工人与有关仪器设备全部搬迁沅江，房屋、基地全部无偿移交长沙市副食品生产局。
1971年12月，湖南省革命委员会农林局通知，为了充实加强拓溪水库渔场建设，发挥深水捕捞队的更大作用，经省局党委研究决定，将省水产科学研究所深水捕捞全部人员（包括干部、工人）和所捕捞研究室的部分人员调往柘溪水库渔场。
1973年，柘溪水库下放安化、新化两县经营，原所属深水捕捞队和捕捞研究室的部分调出人员全部回所。
1978年5月，湖南省水产学会恢复活动，由学会常务理事会协商，学会办公室设在省水科所。
1996年7月，研究所遭受百年未遇特大洪灾，全所368亩科研、生产试验基地和27栋办公、住宅楼全部被淹，平均水深4米多，被淹时间长达53天，大量科研鱼苗、逃走、设施被冲毁，对研究所科研、生产造成毁灭性打击。经农业厅核实，直接经济损失938万元。
2003年10月，为更好地促进水科所的搬迁，湖南省农业厅党组决定，由研究所口管理湖南鱼类原种场、湖南中华鳖原种场、湖南鳜鱼原种场，同意水科所主体部分迁往长沙，建设湖南水产科技园。
2004年，湖南省发改委经省政府同意批准研究所搬迁项目。
2024年9月24日，湖南省“大农科院”管理体制改革动员会议在长沙召开，会上公布《湖南省“大农科院”管理体制改革总体方案》，明确将省农业农村厅所属6个科研事业单位包括省水产科学研究所等，通过整建制划归，将与省农科院所属15个科研事业单位和2个科研辅助机构深入融合，优化重组为15个科研事业单位和1个科研辅助机构。
科研条件
人员编制
据2018年1月研究所官网资料显示，研究所共有干职工134人，其中离退休人员48人。科技人员65人，其中研究员4人，副研究员29人，中级技术职称32人，初级技术职称9人。
2004年以来，3位同志攻读在职农业推广硕士学位；10多位同志参加自学考试，获得大专、本科文凭；20多位同志参加专业技术培训；同时引进专业技术人员11人，其中博士1人，硕士7人，本科生3人。
科研部门
据2018年1月研究所官网资料显示，研究所下设
湖南鱼类原种场、
湖南中华鳖原种场、
湖南鳜鱼原种场、农业部渔业产品质量监督检验测试中心（长沙）、湖南省水产引种育种中心、
湖南乌龟良种场、
湖南省渔业环境监测站。
设施设备
据2018年1月研究所官网资料显示，近十年来，特别是水科所主部分迁长以来，基本建设投资稳步增长，共获得条件建设投资（包括自筹经费）1650万元，其中购地费906万元，综合实验楼和检测中心建设346万元，鱼池改造费260万元，其他费用138万元。获得专项及科研经费2100万元，技术服务收入700万元。
从建所到2012年，三场一所的固定投资为4869万元，其中单价20万元以上仪器设备11台，364万元，50万元以上的仪器设备4台125万元，房屋面积10716m2。
学术资源
据2018年1月研究所官网资料显示，研究所收集整理了分布于湖南省各地的160余种鱼类，并据此建立了湖南省品种最全的鱼类标本室；还设立了湖南省收集国内外水产科技情报最为齐全的图书资料室，存有国内外水产专业图书、期刊20多万册。
科研成就
科研成果
据2018年1月研究所官网资料显示，多年来，研究所先后承担了98个水产科研项目。其中国家重点科研项目14个，省部级重点科研攻关项目66个，省厅科研项目18个。共获得各级成果奖68项。其中荣获国家科技进步奖4项，国家发明奖1项，全国科学大会奖2项，省部级科技进步奖28项，省农业科技进步奖25项，湖南省85、86年十大科技成果奖2项，其它奖励6项。另外还有4项科研成果获得国家专利。
九·五期间共承担各类科研课题8项，已完成6项（83-2系抗病草鱼和三峡课题仍在进行中），研制开发鱼药新品种3个，获各级政府和部门奖励8项，其中获国家发明奖1项，省科技进步三等奖3项，省农业科技进步二等奖2项，三等奖1项，农业部监测成果一等奖1项。 1982年大鲵首次在研究所繁殖成功，为大鲵的繁育研究迈出了关键性一大步；1980年，研究所首次获得草鲤异源四倍体，这是世界上首例人工获得的鱼类异源四倍体，这一发现开辟了草鱼抗病育种的新途径，对整个鱼类育种都有重大意义。
研究所于1983年选育出83-2系抗病草鱼，已选育到了第7代。通过杂交研究培育的芙蓉鲤年平均推广面积达50万亩，年新增产值达0.5亿元；研制的草鱼出血病疫苗年推广面积达100万亩，年增产值过亿元；以安乡珊珀湖、华容东湖为试点的大水面开发研究，在全国的年推广应用面积达130万亩，年新增产值达1.5亿元；稀土育珠技术，缩短养殖周期18个月；甲鱼工厂化养殖技术和名特优水产品配合饲料已在全国10多个省、市推广应用。各项科研成果的应用累计为社会增创渔业产值86亿元。
学术刊物
《
内陆水产》（月刊）创刊于1991年，面向国内外公开发行，并于1998年获得全国优秀水产期刊评比一等奖，2003年初评为全国优秀水产报刊二等奖，年发行量最多达20多万册。
《
当代水产》创刊于1979年，由湖南省畜牧水产局主管，湖南省水产学会和湖南省水产研究所共同主办，湛江市腾氏文化传媒有限公司协办。2008年，《当代水产》通过版面和内容上的一系列改革，完成了从学术性刊物到市场型刊物的转变。《当代水产》杂志包含行业动态，行业盘点，人物访谈，会议报道，纵观评点，病害测报，技术学堂，科研园地，行业故事，你说我说，后院书吧，信息特栏，市场行情等多个栏目。
文化传统
研究所所徽主体由两条鱼构成，代表着研究所的主要职责为以鱼类为主的水产研究；所徽的主色调为蓝色、淡蓝色、绿色，为水和水生生物的颜色；最下方为1959，是研究所的建所时间。
现任领导
所长：伍远安
副所长：李传武、喻德良、王冬武
总工程师：廖伏初
纪检书记：李成
工会主席：马忠民
所获荣誉
2021年1月27日，被湖南省绿化委员会、湖南省人力资源和社会保障厅、湖南省林业局表彰为“全省绿化先进集体”。
2022年11月29日，湖南省水产科学研究所入选中国科协2021-2025年第一批补充认定的全国科普教育基地名单。