澎湖水师协为台湾清治时期甫开始﹔1684年即于
台湾澎湖境内设置的军事单位。其原因是在清军攻下台湾与击溃郑家军过程中，认识到
澎湖群岛其实是台湾本岛和福建漳泉的门户。而设置此水师协，也就是为了扼住台湾峡的战略位置。
隶属于台湾镇的澎湖水师协，其水师协内的最高长官为副将，共辖有左右两营兵士，兵力达2000人。1886年，中法战争於台湾发生俗称西仔反相关战事，战事过程中，孤拔所属法国舰队轻易攻占澎湖，因此，清朝政府将澎湖水师协升格为澎湖水师镇，直接受台湾巡抚或之下的台湾道制约。不过从水师协升格後水师镇的的此清朝军事单位於1895年的
甲午战争末期，遭日军击败。并在
台湾日据时期开始後，加以裁撤。