焦山佛学院始创于1934年，由时任镇江焦山定慧寺寺方丈智光法师（1889-1963）倡导办学并首任院长。定慧寺监院雪烦法师为第一任教务主任。院址位于定慧寺内海云堂和禅堂前后，第一届学僧110多名。
学僧分预科、正科和研究科三阶段，学程预科、正科各二年，研究科三年。为一套全面、系统的僧才办学计划。学院还创办有佛学月刊《中流》，初为油印旬刊，仅供院内师生发表学佛心得，1942 年4 月改为铅印月刊，刊有佛教经律论解释，佛学研究论文，外国佛学论著，佛教古迹文物介绍，国内外佛学活动等。除各地佛教徒订阅外，并与国内各大丛林及日本、东南亚佛教界刊物交流。
焦山佛学院自1934年至1948年，共办预科班三届（五个班），正科两届（两个班），培育学僧近300 人。学僧毕业后，多数充任各寺院监院、住持，其中有成为世界著名高僧者，如现任国际佛教促进会会长、世界佛教徒联谊会副会长、台湾佛光山开山始祖星云法师，美国纽约仁俊法师、夏威夷虚云寺住持知定法师、澳大利亚悉尼观音寺方丈法宗法师、新加坡菩提阁松年法师、香港大屿山宝莲寺前任方丈圣一法师、鹿野苑住持达道法师；台湾金山分院悟一法师、南山放生寺莲航法师；苏州寒山寺性空法师及茗山法师等均系焦山佛学院毕业生。
焦山佛学院已经停办多年。已故住持茗山法师曾积极筹备恢复焦山佛学院。2012年4月10日上午，镇江市副市长曹当凌率领宗教、规划、园林、住建、供电、国土、电信、消防、佛协等部门领导现场察看焦山佛学院重建地址后，在市政府2405会议室召开恢复重建焦山佛学院规划建设协调会。市政府副秘书长赵志新主持会议。
会上，市民宗局局长夏和生汇报了焦山佛学院的历史、恢复重建的缘由及规划设计进展等情况。心澄法师就焦山佛学院规划设计理念、方案等进行了介绍。与会人员分别就工程用地、规划设计、绿化美化等问题提出了许多很好的建设性意见，表示将在各自的职能范围内全力支持焦山佛学院的恢复重建。曹当凌强调：宗教工作无小事，恢复重建焦山佛学院是落实党的宗教政策的需要，是贯彻落实中共十七届六中全会精神、弘扬中华优秀传统文化的需要，各部门要统一思想认识，积极支持恢复重建工作。