焦源清为万历三十五年（1607）进士。崇祯初年，以
右佥都御史巡抚宣府（治今河北省宣化县）。崇祯七年（1634）七月，
后金汗
皇太极（即清太宗）亲率大军南下，攻占宣府万全左卫（治今河北省
万全县）而归。巡抚焦源清与总督张宗衡、总兵
曹文诏等因“不敢战”之罪被削夺官爵，遣送边境担任守卫。过了几年，焦源清因年老被释放回家，时年70岁。崇祯十六年冬，
李自成农民军占据西安后，实行追赃助饷的政策。焦源清与堂弟
焦源溥一同被带至西安，逼其献金。他见其弟因抗拒献金被杀，遂顽固坚守节操，绝食七日而死。
崇祯中以右佥都御史巡抚宣府，以边关失守而被夺官。得释还，与弟源溥同被
李自成起义军所俘。为官时，家中藏书甚富，清初文学家潭咏昭于嘉庆年间奔至他家，读尽他的藏书，在他家中达10余年，50岁方中乡试。