牟岐线连接了
德岛县东部的
德岛市、
小松岛市和
阿南市,并抵达德岛县南部地区,线路建设依据《铁道敷设法》附表第107号“
高知县后免、安芸经过古庄抵达德岛县日和佐”的计划修建并预计延伸至室户和后免方向,但是牟岐线作为国有铁路仅延长到海部站。1992年
海部站~甲浦站作为阿佐海岸铁道阿佐东线开业,2021年12月25日阿佐海岸铁道引入DMV车辆,阿波海南站~海部站的牟岐线区间被移交给阿佐海岸铁道。
中田站~羽之浦站是私营铁路会社——阿南铁道修建的中田站~古庄站的部分区间,而《铁道敷设法》要求的线路终点站在阿南铁道终点站古庄站附近,所以从羽之浦站修建了连接古庄站的线路,但是羽之浦站~古庄站的线路在1961年被废止。
2020年7月18日,阿佐海岸铁道进行DMV导入施工,牟岐站~海部站中止运行,开始巴士代行。10月1日,受
新冠肺炎疫情造成的旅客减少影响,牟岐线下行末班列车德岛站23:39发阿南站终着的列车停运。10月31日,四国旅客铁道牟岐线阿波海南站~海部站废止。11月1日,阿佐海岸铁道阿波海南站~海部站开业。
德岛站~牟岐站的特急“室户号”,2014年3月14日开始
德岛线的特急“剑山”也会驶入牟岐线。