日本的特例市是根据1999年修改的《地方自治法》开始设立的，设立条件为人口20万人以上，并经市议会及所属都道府县议会之决议通过，可被指定为特例市。其职能权限介于
中核市与普通市之间，即比普通市多了批准开发项目、指定限制噪音区域和监管停车场的权限。
函馆市（
北海道）：2000年11月1日成为特例市，直到2005年10月1日升格为
中核市。
清水市（
静冈县）：2001年4月1日定成为特例市，直到2003年4月1日与
静冈市合并重新为设立的静冈市，成为中核市，2005年4月1日静冈市已成为
政令指定都市。
下关市（
山口县）：2002年4月1日成为特例市，2005年
2月13日与菊川町、丰田町、丰浦町、丰北町合并为新成立的下关市，继续被指定为特例市，直到2005年10月1日升格为中核市。
盛冈市（
岩手县）：2000年11月1日成为特例市，2008年4月1日升格为中核市。
久留米市（
福冈县）：2001年4月1日成为特例市，2008年4月1日升格为中核市。
前桥市（
群马县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。
大津市（
滋贺县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。
尼崎市（
兵库县）：2001年4月1日成为特例市，2009年4月1日升格为中核市。
高崎市（
群马县）：2001年4月1日成为特例市，2011年4月1日升格为中核市。
丰中市（
大阪府）：2001年4月1日成为特例市，2012年4月1日升格为中核市。