根据史诗《伊利亚特》记载，亚该亚人在特洛伊战争时把本营设于斯卡曼德罗斯河（River Scamander，今名Karamenderes）口，而运兵船等战船亦都在此靠岸。至於特洛伊城的位置大约于斯卡曼德罗斯平原上的一座山上，离岸约15公里。但亦有考究指当年的海岸线与现今有别，现今的海岸线经历多年由斯卡曼德罗斯河冲积而形成的冲积层，所以古特洛伊城海岸线应比现址向内陆推进5公里。

有少数当代学者认为，荷马史诗中的特洛伊城并不是位于安那托利亚，而是位于英国、克罗地亚和斯堪的那维亚等提议。这些理论未被主流学者所接受。另有学者认为特洛伊人原属匈牙利的游牧民族马扎尔人的一分支，后来遭到赫梯王国的攻击，才横越海峡至特洛伊城旧址定居。