据《
滇云历年传》载：“丰祐
保和二年（公元825年）建立鄯阐（
昆明）王宫，僧赞陀建玄化寺于鹤庆，王嵯巅建
大理崇圣寺。”可见就当时而言，玄化寺与南诏国内东京王宫、西京崇圣寺规模相当。
玄化寺规模宏大，故址与
文庙毗邻，今与文庙一道被建成
鹤庆县第一中学，但文庙局部保留了下来，玄化寺却在建国后荡然无存。据史载，玄化寺原有双塔、照壁等附属建筑和一片松林。玄化寺的古钟由大理工匠铸造，“玄化晓钟”为鹤庆著名的鹤阳八景之一。
现在玄化寺虽荡然无存，但断碣残碑、零砖碎瓦还散轶在鹤庆一中的校园和民间。民间收藏的书有“玄化寺”三字铭文瓦片，长约1.5尺；校园里也看到梵文砖上书藏语汉字六字真言“ 嘛呢叭哞 ”，下有数行梵文，砖约1寸厚，6寸宽，1尺长，可能是玄化寺用的砖块或玄化寺双塔的塔砖。
关于修建玄化寺的原因，《
南诏野史》、《僰古通纪浅述》等许多云南地方史乘都有这样的记载，鹤庆在唐代以前，鹤庆坝子大部分地方为湖泊，南诏王劝丰祐时期，从
印度东部摩揭陀国来的
佛教密宗僧侣赞陀崛多，做了南诏国的国师。他看到鹤庆坝子汪洋一片，于是泄水开疆，使鹤庆坝子由沧海变成了桑田，人民得以安居乐业。在《掷珠记》中详细记载了这一个神话传说故事。坝子开辟后，随之由南诏国师赞陀崛多主持下，在坝子中央修建了玄化寺。《僰古通纪浅述》载：“国师往
石宝山修道，见谋统（鹤庆古称）地方为水所占，乃以锡杖决其东南隅，水遂泄涸。水中得一香樟木，刻为
释迦佛像，以
安息香、白檀、龙脑、
牛黄、
麝香六味布漆之，书光，聚咒一万八千遍，呼像曰：嗯。师恐佛像能言，人以为怪，再呼佛曰：吐舌。师书哑字于佛像舌，自是佛像不言。”这就是玄化寺木雕
释迦牟尼佛像传说为活佛的端倪所在，也是修建玄化寺的原因。玄化寺修建于公元825年，迄今已近1200年历史。
玄化寺因
清代避
康熙皇帝爱新觉罗·玄烨的名讳，故又名“元化寺”。玄化寺是
明代至清初鹤庆军民府
僧纲司僧正驻锡之地，出过不少大德高僧。
民国时，玄化寺大殿上塑有三丈高的大佛三尊，这在滇西北也是少见的。
南宋宝祐元年（公元1253年，
蒙古宪宗帝
蒙哥三年）十一月，
忽必烈率军进入鹤庆，受到
大理国谋统府（鹤庆）演习（类同知府）高惠直及广大僧俗人民的欢迎。
忽必烈驻跸于玄化寺，赐给玄化寺销金、绛罗、袈裟、火珠、珊瑚等宝物，此后这些宝物一直保存了数百年。《景泰云南图经志》载：“……至今犹存，凡遇庆贺则于此习仪。”可见被奉为圣物，一直受到当地人民的瞻仰和崇奉。六年后，
忽必烈继位，是为
元世祖。
作为滇西北的
佛教圣地，玄化寺是
剑川、
丽江、
永胜、云龙、
兰坪、
维西、
香格里拉、
德钦及川西南
藏区的
白、
汉、
彝、
纳西、
藏族朝觐之地或朝
鸡足山必经之地。据《景泰云南图经志·北胜州》载：
永胜“拜佛台山，在州治之西，约高百余丈。每岁
二月八日，居民不分男女、少长、贵贱，俱登其山，遥望鹤庆玄化寺瞻拜，故名。”
永胜其它地方志中也有类似的记载。笔者认为与
永胜高氏土司鼻祖高慧球为鹤庆高氏土司鼻祖高泰慧之子有关，高泰慧长子高慧珠袭父职，弟高慧球被派往永胜（见《鹤庆高土司世系》）管理地方。
玄化寺创建后，受鹤庆封建领主高氏的不断赏赐，城南两公里内的大片田产逐渐划入玄化寺管业，僧侣们把山门修建在城南两公里外的映虹桥上。虽然在
明代，地方官与僧纲司商量，在鹤庆古城南门外空旷地带建新生邑村，但玄化寺特有的“佛寺养独马，骑马关山门”的特殊文化现象一直延续到
民国时期。
明
弘治二年（公元1489年）鹤庆玄化寺佛像遭到焚毁，成为云南历史上灭佛的一件大事。据《鹤庆府学庙碑记》载：“弘治己酉，按察林副使焚毁佛像。”林副使即林俊，
福建莆田人。焚毁佛像的起因是，鹤庆地处横断山区，受垂直性气候的影响，终年经常遭受冰雹的侵袭，当时谣传给玄化寺佛像脸上抹金，能减少冰雹带来的灾害。这种抹金的行为增加了人民的负担，僧侣们借机收敛钱财。所以林俊到鹤庆后，通过焚毁神圣佛像的手段，威慑僧侣，逼使他们交出金银和田产，成功地打击了僧侣作为特殊的封建大领主、大庄园主的地位，并取媚了当时朝野上下崇道抑佛的主张。笔者认为，林俊焚毁佛像也沉重地打击了鹤庆佛教
密宗和阿咤力信徒的势力，使
佛教禅宗地位在鹤庆境内得到进一步加强。《
南诏野史》载：林俊在焚毁玄化寺佛像后，又在云南境内“火滇淫祠三百”，无疑其原因与在鹤庆的举动是一样的。
玄化寺佛像焚毁后的正德乙亥年（公元1515年）夏天，玄化寺又遭到了雪上加霜的打击，6.5级的地震使寺观的大部分建筑倒塌，相邻的
文庙乘机对玄化寺进行挤占，正德戊寅年（公元1518年）秋，鹤庆军民府知府吴堂在其地基上“始迁大成殿、棂星门、戟门、东西角门，迨今乃获尽迁而大务。”自此以后，玄化寺规模变小了。