2012年，通过中科院“引进杰出技术人才”项目，王文超回国加入由刘青松研究员创建的
中国科学院合肥物质科学研究院药物学团队，负责抗肿瘤新药研发过程中药物筛选体系的设计和建设。经过近六年的努力，辅助团队建立起了较为完备的高通量高内涵药物学研究平台，配置了全部临床正在使用和检测的药物库，以及300余种不同组织来源的人类肿瘤细胞系文库，并且自主设计构建了近180种针对激酶靶点的等基因全细胞筛选文库，为国内多家药物研发机构提供高质量的药物评估服务二百余次，在国际高水平科研杂志上发表论文二十余篇，申请国内外新药专利二十余项，并有一项国家一类创新靶向药物成功获批进入临床试验。
王文超带领几位同事夜以继日的钻研细胞构建核心技术问题，无论周末还是假期，一年三百六十五天，每天都能看到他们在实验室加紧工作的身影。终于在一些核心的关键技术上取得了进一步的突破，并在2015年，细胞库的规模达到了109株，首次超过了国外几家生物公司的规模；2017年，细胞库通过中科院产业化平台中科普瑞昇公司面向全国药物研发机构提供检测服务；2018年，细胞库规模达到近180株，远远超过美国和日本同类细胞库规模，覆盖了目前临床上发现的几乎所有与癌症发生发展和治疗相关的激酶靶点和突变，成功为150余家国内药物研发企业和科研院所提供了靶向药物评价服务，弥补了我国在激酶药物研发领域的检测体系不足，极大的推动了我国具有自主知识产权的抗肿瘤药物研制进程。