长身黑面，初为太仓王氏奴，后补
诸生。清军亡明后，大举进攻江南诸省，屠杀汉族人民，同时推行圈地运动，把粮田变为牧场，激起江南士民激烈反抗。
顺治三年（1646），王祁聚众成立抗清义军，一举收复建宁所属州县，清廷迅即调兵遣将进行镇压。义军奋勇杀敌，屡挫清军，致使浙闽总督张存仁被罢免。顺治四年秋冬之际，为防御清兵进攻，王祁特邀隐居天台山的复社遗老恽日初参与抗清复明大计，使义军越战越勇，屡战屡胜。12月，新任浙闽总督陈锦、侍郎李率泰统领6万大军，从仙霞岭围攻建宁。王祁率部坚守100余天。翌年4月的一天早晨，清军趁大雾猛攻建宁，建宁陷落，义军伤亡惨重。王祁率军巷战，与清军肉搏格斗，终因众寡悬殊而全军覆没。王祁羞作囚徒，自焚而死。