巴伐利亚的玛格丽特（1442年1月1日-1479年10月14日），曼图亚侯爵费代里科一世·贡扎加之妻。

巴伐利亚的玛格丽特于1442年1月1日出生在慕尼黑，她是巴伐利亚-慕尼黑公爵阿尔布雷希特三世与不伦瑞克-格鲁本哈根的安娜的女儿。1463年5月10日，玛格丽特与后来的曼图亚侯爵费代里科一世·贡扎加结婚，他是曼图亚侯爵卢多维科二世·贡扎加与勃兰登堡的芭芭拉的儿子。两人育有六名子女，其中包括曼图亚侯爵弗朗切斯科二世·贡扎加。1479年10月14日，玛格丽特在曼图亚去世，享年37岁。