1527年，萨帕·印卡
瓦伊纳·卡帕克在征服
基多的时候染上天花，随后逝世。不久后，帝国的继承人尼南·科尤奇也因天花去世。瓦斯卡尔继位成为新的
萨帕·印卡。
瓦斯卡尔继位时的详情至今仍不明确，瓦斯卡尔与
阿塔瓦尔帕的支持者所叙述的版本是完全矛盾的。在瓦伊纳逝世之后，身处
库斯科的瓦斯卡尔被印加王公推戴为新的萨帕·印卡；镇守帝国北部的阿塔瓦尔帕，则在将军的拥立下向瓦斯卡尔宣战。
西班牙编年史学家胡安·德·贝坦索斯提供的讯息则是，
印加内战的起因是瓦斯卡尔的暴虐。贝坦索斯的妻子曾嫁给阿塔瓦尔帕，这证明他的编年史带有一定偏见的。贝坦索斯描述瓦斯卡尔如何将他喜爱的王公妻子据为己有。更重要的是，他侵占了死去的印卡以及太阳神的领地。在
印加人的社会观点里，死去的印卡们的领地仍然是印卡的居所，因此将这些领地当做宗教场所来崇拜。瓦斯卡尔不信神，而且思维迟钝。他根本看不起出身卑贱的阿塔瓦尔帕，向阿塔瓦尔帕宣战，并派
基斯基斯率领十万大军、六万支持者前去讨伐。然而帝国的三位首席将军
查尔库奇马、
基斯基斯、
卢米尼亚维都对瓦斯卡尔不满，北上投奔了阿塔瓦尔帕。
瓦斯卡尔在最初的战役中具有优势。在卡尼亚利人的帮助下，他的弟弟兼部将阿图科在奇洛潘帕战役中击败阿塔瓦尔帕，并将他俘虏。但在他们庆功的时候，阿塔瓦尔帕被一名少女救走，随后组织军队进行反击。此后阿塔瓦尔帕占据了压倒性优势，卡尼亚利人战败，其首领被阿塔瓦尔帕下令剖心煮熟之后，分给卡尼亚利人吃。
阿塔瓦尔帕的部将基斯基斯、查尔库奇马率军迫近库斯科，瓦斯卡尔亲率大军出城抵抗。双方在基派潘平原发生非常惨烈的战斗，瓦斯卡尔先胜后败，在逃跑途中被俘。追随他的王公或是自杀，或是被查尔库奇马杀害。随后查尔库奇马率军进入库斯科，将瓦斯卡尔作为俘虏在库斯科游街示众，并大肆屠杀有权继承王位的王族。这次内战以阿塔瓦尔帕的胜利告终。
阿塔瓦尔帕得知胜利的消息后，率军南下前往库斯科，途中在
卡哈马卡停留，但被西班牙殖民者伏击而遭到俘虏。被关押在库斯科的瓦斯卡尔希望同西班牙人合作，将阿塔瓦尔帕驱逐出去。不久后瓦斯卡尔便突然死去，传言阿塔瓦尔帕指使查尔库奇马将他淹死在安达马卡河中，临终时说白人会为自己报仇。但没有任何证据。