生态经济区的建设，其实质就是以可持续发展理论为基础，运用生态经济学和系统工程的原理与方法，对全区域社会、经济和生态环境复合系统进行结构改善和功能强化；遵循生态规律和
经济规律，在恢复和保持良好的生态环境、保护与合理利用各类自然资源的前提下，促进国民经济和社会健康、持续、稳定与
协调发展。
生态经济区建设的基本目的，是在恢复与保持良好的生态环境与合理利用全区域自然资源的前提下，协调好经济发展进程中生态和经济的时空关系；以信息化带动
工业化，以高新技术促进传统
产业升级，努力提高区域经济的总体竞争力，分类、分步实施各项经济与生态工程建设，并通过
生态环境建设和
产业结构调整，建立特有的
生态产业与合理的经济结构，逐步实现经济、社会和
生态效益的统一，走可持续发展道路。
生态经济区建设是
可持续发展战略的重要组成部分，它的理论基础是可持续发展理论和生态经济学原理，即在可持续发展理论的指导下，将生态、
生态系统等自然科学概念引人以一定行政区域为界的社会科学领域，运用
生态经济学的原理和系统工程的方法来对生态经济区这一经济、社会和生态环境复合系统进行研究，探索使这一复合系统社会和谐、经济高效、生态良性循环的途径，促进经济、社会、环境与资源的全面可持续发展。