《电子显微学报》创刊于1982年，是由中国科学技术协会主管、中国物理学会主办的电子显微学和扫描探针显微学等其它新兴显微学方面基础研究的学术期刊。

1982年，《电子显微学报》创刊。

1992年，刊期由季刊变更为双月刊。

1996年起，《电子显微学报》同时发行印刷版和电子版。

1998年，成为中国科技信息研究所万方数据网络中心的Chinainfo首批上网的学术期刊《电子期刊》。

2000—2006年，连续获中国科学技术协会择优支持基础性和高科技学术期刊的专项经费资助。

2007年、2008、2009年，获中国科学技术协会精品科技期刊工程项目资助。

2014年12月，正式入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《电子显微学报》主要刊登电子显微学和其他新兴显微学（透射电子显微镜、扫描电子显微镜、微束分析仪器、扫描探针显微镜（含扫描隧道显微镜，原子力显微镜等）、激光共聚焦显微镜）等的理论研究、仪器研制生产以及在材料科学、生命科学、纳米科技、医学、金属学、地学、化学化工、环境科学、半导体材料等领域中的应用研究成果方面的学术论文；仪器相关的理论、技术和实验方法的发展与改进；电子显微镜及其它仪器的使用、改进与维修经验的交流等。

《电子显微学报》面向电子显微学、扫描探针显微学和其他新兴显微学的理论研究、实验技术和方法、仪器研制生产及其在材料科学、生命科学、纳米科技、医学、金属、地质、化工、半导体等应用方面的科技工作者。

据2018年11月期刊官网显示，《电子显微学报》第七届编辑委员会委员有41人、海外顾问编委8人。

据2018年11月28日中国知网显示，《电子显微学报》共出版文献6689篇。

据2018年11月28日万方数据知识服务平台显示，《电子显微学报》共载文3368篇，基金论文1612篇。

《电子显微学报》曾被德国编辑出版的学术期刊《光学（OPTIK）》连续登载论文题目，是《中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）》、《中文核心期刊要目总览（中文核心期刊）》来源期刊、《中国科学引文数据库（核心数据库CSCID）》来源期刊、《中国学术期刊综合评价数据库来源期刊》、《国家自然科学核心期刊（北京大学图书馆版）》、《中国期刊全文数据库》全文收录期刊、《中国自然科学核心期刊（无线电电子学、电信技术类）》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊、维普网全文收录期刊，被美国《化学文摘》CA、俄罗斯《文摘杂志》AJ、《中国学术期刊文摘数据库核心版（CSAD-C）》等数据库收录。

1992—1993年，《电子显微学报》名列“中国自然科学核心期刊”第73名。1996年，按影响因子排序列中国科技期刊工程技术类刊物第三名。1994年起，连续被列入“被引频次最高的中国科技期刊500名排行表”。1998年，在“CA被引频次最高的国际科技期刊一千名排行表” 中第587名。2003年，《电子显微学报》影响因子提高到0.404，在全国1534种来源期刊中列第352名、在全国电子通讯类53种来源期刊中列第6名；其被引频次在全国电子通讯类53种来源期刊中列第15名。

据2018年11月28日中国知网显示，《电子显微学报》总被下载740422次、总被引19877次、（2018版）复合影响因子为0.635、（2018版）综合影响因子为0.442。

据2018年11月28日万方数据知识服务平台显示，《电子显微学报》被引量为12319、下载量为126337；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，该刊影响因子为0.431，在全部统计源期刊（6735种）中排第3290名，在无线电电子学与电信技术、物理学、基础科学（961种）中排第498名。

《电子显微学报》曾获北京市新闻出版局和北京科学期刊编辑学会颁发的“优秀期刊奖”、《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖。

《电子显微学报》以科技创新为宗旨，反映中国电子显微学和新兴显微学的科研与生产成果；开展学术讨论，促进中国国内外学术交流，为中国的电子显微学和新兴显微学事业的发展作贡献，促进中国科技事业的快速发展。