盐田出入境边防检查站隶属于
深圳出入境边防检查总站，正处级建制，主要担负
盐田、
梅沙、下洞、
大亚湾等港口出入境人员和船舶的出入境边防检查及监护任务。下设4个基层科队，1个服务保障队。
盐田边检站所辖口岸包括国家一类口岸：盐田港国际码头、盐田港西港区、下洞港区、
大亚湾设备专用码头。国家二类口岸：大亚湾材料码头、大庆游艇出口作业码头、沙鱼涌码头（已停运）、下沙起点运点（已停运）、
鹅公湾挖沙点（已停运）、
三门岛分站（预编）、梅沙分站（预编）、广东液化天燃气码头（建设中）。
盐田边检站坚持“立警为公、执法为民”思想，对港口实行科学手段管理、简化查验手续并举的原则，积极以高新技术加速
盐田港“大通关”建设，不断提高服务质量和通关效能，加速盐田港“大通关”建设，为盐田港迈入世界一流码头提供了坚实的保障。盐田边检站积极探索、不断深化改革口岸查验方式。2001年以来，
盐田站先后进行了船舶预检、开发船舶上下人员的电子门禁系统、建设新CCTV监控系统以及到目前网上报检等查验方式的探索和改革，为港口提供了优质的服务，创造了优越的通关环境，为地方经济建设作出了重大贡献。
2005年以来，盐田边检站获得了
深圳市委、市政府授予了深圳市“精神文明建设示范窗口”称号，在盐田边检站的大力配合下，盐田国际码头囊括“中国港口前十强
集装箱码头”第一名、“中国港口杰出集装箱桥吊作业效率码头”第一名、“中国港口杰出集装箱船舶装卸效率码头”第一名，并入选“2005年综合指标最佳集装箱码头”等荣誉。