相互协商程序是国际税收协定中规定的缔约国之间相互协商税收问题的程序。《经合发组织协定范本》和《联合国协定范本》在“特别规定”中都设有“相互协商程序”条款。具体程序如下： (1) 当一个人认为缔约国一方或双方的措施将对其产生不符合协定的征税时，可以将案情提交其本人为居民或国民的缔约国主管当局。案情的提交必须从第一次不符合协定征税通知起在三年之内提出。(2) 主管当局认为提出的意见合理而又不能单方面满意解决时，应设法与缔约国另一主管当局相互协商。达成协议的执行不受缔约国国内法律时间限制。(3) 缔约国双方主管当局相互协商设法解决在解释和实施协定时发生的困难和疑义。也可为避免未规定的双重征税进行协商。(4) 缔约国双方主管当局为使以上各项达成协议，可以直接相互联系。

《联合国协定范本》建议： 为执行上述的相互协商程序，主管当局应协商确定适当的双边程序、条件、方法和技术。 主管当局还可以设法采取适当的单边程序、条件、方法和技术，以促进上述双边行动和相互协商程序的执行。而《经合发组织协定范本》则建议： 当认为达成协议需要口头交换意见时，可以通过缔约国双方主管当局指 派代表组成的委员会进行。我国同其他国家签订的避免双重征税协定中，都参照以上两个基本规定的协商程序订定了具体的有关协商程序条款。