真核生物是一类细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的生物。菌物界的真菌、黏菌，植物界中的显微藻类和动物界中的原生、后生动物等都是属于真核生物类的微生物，故称为真核微生物。

凡是细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体、叶绿体等细胞器的微小生物，称为真核微生物。原生动物、微型后生动物、藻类、真菌均属于真核微生物。真核生物的细胞与原核生物的细胞相比，其形态更大、结构更为复杂、细胞器的功能更为专一。真核生物已发展出许多由膜包围着的细胞器，如内质网、高尔基体、溶酶体、微体、线粒体和叶绿体等，更重要的是真核细胞已进化出有核膜包裹着的完整的细胞核，其中存在着构造极其精巧的染色体，它的双链DNA长链与组蛋白及其他蛋白密切结合，更完善地执行生物的遗传功能。

①核发育完全（有核膜将细胞核和细胞质分开，两者有明显界限）。

②有高度分化的细胞器，如线粒体、中心体、高尔基体、内质网、溶酶体和叶绿体。

③进行有丝分裂。

真核细胞与原核细胞相比，个体更大，结构更复杂，显著特征是有明显的细胞核，还有一些由膜包裹的细胞器。有细胞壁的真核细胞其内部为原生质体，由细胞质膜包裹着，其中为细胞质和细胞核。细胞质是透明而黏稠的溶胶，由各种细胞器及其他物质组成。除细胞器以外的胶状溶液为细胞浆或称细胞基质。内含细胞骨架、各种酶、储藏物质等内含物。真核微生物主要包括真菌、显微藻类和原生动物等。

原生动物是动物中最原始、最低等、结构最简单的单细胞动物。在动物学中被列入原生动物门。因其形体微小，长度在10～300 µm，需在光学显微镜下才能看到。它们在自然界中分布广泛，特别是海水、淡水中大量存在。水体中的原生动物是重要的浮游生物。在活性污泥处理废水中原生动物以吞食细菌为生，对净化污水起到重要的作用。

原生动物为单细胞，没有细胞壁，有分化的细胞器，有一个或多个细胞核有核膜。有独立生活的生命特征和生理功能，如摄食、营养、呼吸、排泄、生长、繁殖、运动以及对刺激的反应等。上述各种功能是由相应的细胞器执行的，如：胞口、胞咽、食物泡、吸管是摄食、消化、营养的细胞器；收集管、伸缩泡、胞肛是排泄的细胞器；鞭毛、纤毛、刚毛、伪足是运动和捕食的细胞器；眼点是感觉细胞器。有的细胞器执行多种功能，如伪足、鞭毛、纤毛、刚毛既能执行运动功能，又能执行摄食功能，甚至还有感觉功能。

真菌的细胞构造包括细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、线粒体、核糖体、内质网、高尔基体、液泡等。

大多数真菌是由菌丝构成的菌丝体。真菌菌丝的宽度约5～10 µm，比细菌和放线菌大几倍到几十倍。真菌菌丝可分为无隔膜菌丝和有隔膜菌丝。无隔膜菌丝是长管状的单细胞菌丝，没有隔膜，内含多个核。大多数卵菌和接合菌的菌丝为无隔膜菌丝。有隔膜菌丝是有隔膜的多细胞菌丝，每个细胞含有一个或多个核。横隔膜上开着小孔，可让细胞质和细胞核自由流通，各细胞功能相同。子囊菌和担子菌的菌丝为有隔膜菌丝。

根据生理功能，真菌菌丝可分为营养菌丝和繁殖菌丝。营养菌丝是伸入培养基内摄取营养物质的菌丝。它有多种变态，以更好地吸收养分。常见的变态营养菌丝有匍匐菌丝、假根、吸器、菌环、菌网等。

藻类是单细胞或多细胞的真核微生物，通常是植物学研究的对象，但不同种类间个体大小和形态差别悬殊，许多要用显微镜才能观察，所以将显微藻类归作微生物研究的范畴。藻类细胞内含有各种色素，能进行光合作用，吸收CO2并释放O2，营光能自养或兼性光能自养生活。藻类多为水生类型，在陆地上亦分布广泛，土壤中的藻类主要有硅藻、绿藻和黄藻，是构成土壤生物群落的重要成分。