石垣港（いしがきこう），位于冲绳县石垣市的重要港湾。港湾管理单位是石垣市。是日本最南端的重要港湾，成为八重山群岛中心港。述石垣港为八重山群岛物资聚散地的港湾，也是作为从冲绳与日本各地之间旅客往返的据点；与台湾之间互有贸易往来。

1872年、正式“开港”。

1924年、木造码头动工兴建。

1935年、混凝土码头修筑，供20吨级的船舶得以靠岸。

1954年、琉球政府 指定为重要港湾。

1960年、港湾设施工程开始动工，在1963年完成工事。

1965年、3000吨级码头（1投锚处），1000吨级码头（1投锚处），500吨级码头（3投锚处）整备完成。

2001年、与台湾花莲港结为姊妹港。

2004年、抗震码头(-9.0m)的开始兴建与使用。

2007年、新离岛航站开始使用。

码头

E岸壁（フェリーターミナル；Ferry-Terminal；渡轮航站）有村产业

名古屋港 → 大阪港→ 那霸港 → 平良港（宫古岛） → 石垣港 → 基隆港（台湾） → 那霸港 → 石垣港 → 平良港 → 那霸港 → 名古屋港 名古屋港 → 大阪港 → 那霸港 → 平良港 → 石垣港 → 高雄港（台湾） → 那霸港 → 名古屋港 离岛航站货客船的起点与终点站 八重山观光渡轮- 竹富岛- 小滨岛-黑岛 - 大原港（西表岛） - 上原港（西表岛） 安荣观光- 竹富岛 - 小滨岛 - 黑岛 - 大原港（西表岛） - 上原港（西表岛） - 波照间岛- 鸠间岛石垣岛梦观光- 竹富岛 - 小滨岛 - 黑岛 - 大原港（西表岛） 波照间海运- 波照间岛 新港码头远洋航行观光船

石垣港湾合同厅舎

第11管区海上保安本部石垣海上保安部 冲绳地区税关石垣税关支所 那霸植物防疫事务所石垣出张所 福冈入国管理局那霸支局石垣港出张所

为应对中国在钓鱼岛海域的巡航活动，日本海上保安厅长官北村隆志2013年1月16日在记者会上表示，将要求中央政府和地方政府在作为钓鱼岛警备基地的石垣港（位于冲绳县石垣市）增设停泊空间，从而能停泊5艘千吨级以上大型巡逻船。如今的码头可供2艘大型巡逻船停泊。

据日本媒体报道，鉴于中国海监船等在钓鱼岛周边海域的航行正趋于常态，海上保安厅称，“希望提高石垣岛作为据点的机能，以加强警备体制。”

据海上保安厅称，石垣港上有石垣海上保安部，到钓鱼岛的距离为170公里。海保今后将向国土交通省的港湾局及管理石垣港的石垣市政府要求新增能停靠3艘大型巡逻船的专用码头。

2010年9月7日上午在钓鱼岛附近海域，一艘中国渔船遭日本海上保安厅巡视船冲撞。日方于8日凌晨1点左右下达逮捕令，并于2点将中国渔船船长逮捕。

中国船长姓名为詹其雄，41岁（2010年）。这艘中国渔船船身可见标示为“闽晋渔5179”。

8日晨7时25分，詹其雄抵达冲绳县石垣港。詹其雄在下船时有短暂露面，后被带到石垣市市厅进行调查。

据日本共同社消息，其余14名中国船员不会被立案，但由于无法入境，将在船上等待。但不排除海上保安厅对其进行调查询问的可能。这14名中国船员将于8日晚间抵达石垣港。

中国外交部发言人姜瑜曾于7日表示，钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国领土，中方要求日本巡逻船不得在钓鱼岛附近海域进行所谓“执法”活动，更不得采取任何危及中国渔船和人员安全的行为。中方将密切关注事态发展，保留做出进一步行动的权利。

中国驻日本大使程永华已就日方在钓鱼岛海域扣留中方渔民渔船向日本外务省负责人提出严正交涉。要求日方立即放人，放船，避免事态进一步升级。

8日晨，中国驻日使馆就日方对中国船长采取司法措施向日方提出严正交涉，并已派员赶赴冲绳县石垣岛探视中方渔民。

8日上午，外交部部长助理胡正跃奉命召见日本驻华大使丹羽宇一郎，对日方在钓鱼岛海域抓扣中国渔船事提出强烈抗议，要求日方立即放人放船，并确保中方人船安全。