祥芝港位于深沪湾的北端，今属石狮市。

明洪武二十年（1387） 明廷命江夏侯周德兴到福建沿海福、兴、漳、泉四府经略海防，“筑城一十六，置巡司四十有五。”徙石湖巡检司于祥芝，屯兵驻守，以备倭寇。

祥芝巡检司并造司城，周一百五十丈，高二丈，寓铺六，有南北二门。

在石狮市祥芝镇祥渔村的东北方向，有个角落地名唤作“东城”，亦称“巡司城”，这是由于明代祥芝巡检司城建于此处而得名。

如今祥芝巡检司城已几乎荡然无存，唯保留一座重修的“祥芝东城城隍庙”。庙前碑文载明：因祥芝巡检司隶属永宁卫，故迎奉“忠佑侯”城隍于此。

明代弘治年间《八闽通志》、清代乾隆年间《泉州府志》均有关于祥芝巡检司城的记载。清代道光年间《晋江县志·城池志》载：“祥芝城，在二十一都。明江夏侯周德兴造为司城。周一百五十丈，高二丈，窝铺六，有南北二门。国朝康熙五十六年修。”

祥芝位于泉州湾南畔，三面环海，东临台湾海峡，因海防战略地位重要，明朝初年江夏侯周德兴在祥芝筑城，并迁徙石湖巡检司设置祥芝巡检司。明代《泉州府海防图》附有祥芝巡检司地图并注释：“巡司城东抵外洋大海，南至永宁及郡城，与崇武所相对。值汛期，夷船多窥伺潜入者，为郡咽喉重地云。”当时，倭患频仍，泉州晋江、惠安、同安一带甚为猖獗，倭寇烧杀劫掠，百姓深受其害。为靖安海疆，明朝廷开始在沿海设立巡检司和守御千户所，建立城寨。史载，设置祥芝巡检司之后，官兵曾在此歼灭入侵的倭寇，保卫一方安宁。

巡检司始于五代，盛于两宋，主要为州县所属捕盗贼之功能。在元代官署中，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，其功能以军事为主。明朝依其例沿用，并佐以行政权力。明初巡检司品级为从九品，虽然品秩不高，但在地方事务中却占有重要地位。清代年间，百姓人口大增，县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量与功能上日渐增多，且多有通判等官职设置。而处于沿海的祥芝等巡检司，更具有“掌捕盗贼、专司河防”之职能。

祥芝巡检司作为东南海防要地，隶属于永宁卫。洪武二十年（1387），明太祖朱元璋命江夏侯周德兴到福建巡察，并在福、兴、泉、漳4府实行“三丁抽一”（即三个男丁抽一丁为兵士），共抽兵士1.5万人，戍卫福建沿海卫所。洪武二十七年（1394），督造永宁卫城，并下辖福全、崇武、中左（今厦门）、金门、高浦（今同安）五个千户所，设有祥芝、深沪、围头三个巡检司，互为犄角，遥相呼应，形成了有效抵御外来侵犯的重要防线。明代初期重视海防建设，但到后期，战备松懈，卫所军政驰废。据载，祥芝巡检司原有弓兵100名，但到万历年间仅存18名。

清初，祥芝巡检司城见证了郑成功、郑经父子抗清复明的一段悲壮往事。史载，顺治十七年（1660），郑成功部将林察率水师在祥芝与清军激战。康熙二年（1663），清军攻打蚶江、祥芝，郑军守将王默、吴全率部抵抗，不敌阵亡，郑军余部退往厦门。吴三桂、尚可喜、耿精忠“三藩”之乱后，康熙十六年（1677），盘据台湾的郑经出师闽南，派遣水师驻扎泉州一带，“水师四镇陈升、五镇蔡冲琱、七镇石玉、八镇陈胜分守蚶江、祥芝、崇武、獭窟，以固晋、南、惠沿海”。直到康熙十九年（1680），清朝提督万正色攻克泉州沿海及金、厦两岛，郑经最终退守台湾。

祥芝巡检司终结于康熙十九年（1680）。在此之前的顺治十八年（1661），清政府颁布迁海令，强迫沿海居民内迁30里，片板不得下海。祥芝巡检司官署已于这一年迁界时被烧毁，名存实亡。康熙十九年（1680），将祥芝巡检司移设于鹧鸪（位于今丰泽区东海街道蟳埔村），改称鹧鸪巡检司。至此，祥芝城的军事要塞作用大大减弱。尽管清代道光年间《晋江县志》记载，祥芝城曾在“国朝康熙五十六年修”。但随着岁月流逝，祥芝城最终被毁弃，以至湮没无闻。

想象当年，在号角铮铮、战火硝烟的峥嵘岁月，城墙之上，守城士兵整齐列队，身穿戎装，手持兵器，凝视远方。如今早已没有当年的危急战况，曾经的巡检司城也已不复存在，这一带民居错落，形成了祥渔村的一个历史地名。石狮市委、市政府将在这里规划建设巡检司城遗址公园，这里将成为祥芝湾的一道美丽景观，既可让人们凭吊祥芝巡检司城的往昔岁月，也可让人们在美景之中优雅闲憩。