福建海事局为正局级建制，隶属中华人民共和国交通运输部，下辖一个副局级建制厦门海事局、六个正处级建制分支海事局（宁德、福州、平潭、莆田、泉州、漳州海事局）、一个正处级建制通信中心和一个正处级建制服务中心。

福建海事局内设通航管理处、指挥中心、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、船检管理处、安全管理体系审核办公室、法规规范处、办公室、人事教育处、财务会计处、计划基建处、审计处、规费征稽处、信息化工作办公室、党委工作部、纪检监察处、工会、海事发展战略研究中心、船员考试中心20个处室。

分支机构：厦门海事局、福州海事局、宁德海事局、莆田海事局、泉州海事局、漳州海事局

党组书记、局长：陈凯

副局长：王华明

纪检组组长：董国松

副局长：张向上

（1）贯彻和执行国家海洋管理、环境保护、水上交通安全、航海保障、船舶和水上设施检验方面的法律、法规和规范，实施有关多边与双边国际条约，结合本辖区实际情况，制订实施细则，并监督执行；

（2）按照授权，负责制定航运公司、船舶检验机构、引航机构、船员服务机构、船员培训机构、船舶等的安全与防污染资质、技术标准；负责对相关机构及船舶所有人、经营人实施有关法律、法规、国际公约的指导与管理工作；

（3）负责辖区沿岸国管理、海区（或水域）巡逻、通航环境管理与通航秩序维护、水上水下施工作业审核及监督管理、锚地和重要水域划定、港区岸线使用审核、航行警（通）告发布等管理工作；

（4）负责辖区港口国监督、船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港签证、强制引航监督、靠泊安全监督等管理工作；

（5）负责辖区船舶登记和船舶文书核发管理工作；

（6）负责辖区口岸海事管理工作和辖区内外国籍船舶管理工作；

（7）负责船舶装运危险货物和其他货物安全监督、防止船舶污染水域监督等管理工作；

（8）按照授权，负责辖区航运公司安全监管和安全与防污染管理体系审核发证工作；

（9）按照授权，负责辖区船舶及水上设施检验监督管理工作；

（10）负责船员、引航员、磁罗经校正人员和海上设施工作人员适任资格培训、考试、评估和发证管理工作；负责船员服务薄、海员出入境证件签发及管理工作；负责船员专业与特殊培训考试发证及管理工作；

（11）按照授权，负责船员培训机构和船员服务机构的监督管理工作；

（12）负责辖区水上交通事故、污染事故处置及调查处理的管理工作；

（13）按照授权，负责福建省海上搜救中心和福建省溢油应急指挥部的日常工作；负责船舶安全与防污染相关预防、应急管理工作；

（14）负责对违反海上交通管理秩序等违法案件的调查处理的管理工作；

（15）按照授权，管理辖区水上安全通信工作；

（16）负责辖区海事涉台管理工作；

（17）负责辖区内海事交通战备管理工作；

（18）负责管理规划计划、基本建设、财务会计、固定资产、规费征收、干部人事、劳动工资、技术装备、科技教育、政务信息、党群、审计、纪检监察、安全保卫、精神文明建设、宣传等工作；

（19）承办交通运输部、交通运输部海事局和福建省人民政府交办的其他工作。

2022年5月，中华人民共和国福建海事局指挥中心被授予福建省五一先锋号。