至元二十八年（1291年）改为福建道宣慰司，属
江西等处行中书省。次年复设福建行省。
元成宗大德元年（1297年）改为福建平海等处行中书省，治泉州。次年，改为福建道宣慰司都元帅府。分管
福州路、
建宁路、
泉州路、
兴化路、
邵武路、
延平路、
汀州路、
漳州路等八路。辖境相当今福建全省。另有福建闽海道肃政廉访使，归属江南诸道行御史台，治福州路。
元顺帝至正十六年（1356年）改为福建行中书省，治福州，至正十八年（1358年）分省于
建州、
泉州，
明太祖改为
福建承宣布政使司。