科穆宁家族起家于帕弗拉戈尼亚，属于典型的小亚细亚军区大地产军事贵族家族。王朝的始祖伊萨克一世·科穆宁在1057年君士坦丁堡军队首领们发动的政变中被拥立为皇帝，但伊萨克·科穆宁的统治只维持了不到两年时间。由于企图抑制教会和官僚，结果被以米海尔·普塞尔乌斯为首的帝都贵族推翻。杜卡斯王朝取得了皇位，该家族对官僚阶层作出种种让步，使帝都贵族更加得势。杜卡斯王朝在被其将领尼基弗鲁斯·波塔尼亚特推翻。在这种混乱的政治斗争中，伊萨克一世的侄子阿莱克修斯一世·科穆宁扩大了势力，并在1081年推翻了尼基弗鲁斯三世，恢复了科穆宁王朝的统治。王朝在阿莱克修斯之孙曼努埃尔一世的统治下达到巅峰，恢复了东罗马东方霸主的地位。然而在其死后王朝却迅速的在昏庸的统治者，野心家，以及十字军手下衰落下来，最终伊萨克·安格洛斯结束了科穆宁的统治。

阿莱克修斯一世·科穆宁是科穆宁王朝的真正奠基人。在科穆宁王朝时期，拜占廷帝国已不具有马其顿王朝时代的在亚洲和欧洲同时发动大规模军事进攻的能力。此时拜占庭帝国封建制度形成一定规模，军事贵族对广大领地实行终身监领，承担向国家交纳租税和提供军队的义务。由于自由农民人数锐减，常备军兵源枯竭，帝国不得不更多地依赖外籍雇佣军。

为了使威尼斯人支持拜占廷帝国反对突厥人和诺曼人的战争，阿莱克修斯一世被迫给予威尼斯共和国以重大贸易特权，却极大程度上的损害了拜占廷的经济，也使帝国的海上霸权不复存在，又给予比萨以商业特权，部分抵消了威尼斯人的优势。（相应地，地中海的制海权转移到了意大利诸城邦，主要是威尼斯和热那亚手中）。由于首领罗贝尔·吉斯卡尔的暴亡，诺曼人对希腊的渗透戛然而止，使科穆宁王朝在许多年里都摆脱了西方的威胁。但是，更大的威胁是来自亚洲的塞尔柱突厥人和欧洲的意大利城邦。1090年，阿莱克修斯一世倾举国之力阻止了突厥人的西进，使帝国东部防线暂时稳定了下来。阿莱克修斯一世曾幻想借助西欧的军事力量从突厥人手中收复亚洲领土，向教皇发出了援助呼吁，结果导致西欧封建主发动了十字军东征。在整个科穆宁时代，拜占廷帝国都不得不努力控制前往亚洲的十字军大军，以及他们在叙利亚和巴勒斯坦地区建立的一群西欧式小国，这些小国只是偶尔臣服于拜占廷。