程昌祺，少年勤奋好学，考入
成都高等小学堂。清
光绪二十八年（1902）废科举，行新学，为培养教育人才，清廷派出一批
留日学生。程以成绩优异，被派留学，就读
日本弘文师范学校。学成回国，任四川省督学、川东师范教师。
程昌祺在日本、成都、重庆等地结识革命同志，深受革命影响，加入了同盟会，从事革命活动。1906年，他与赴省考学的县人温朝钟相遇，畅谈国事，志同道合，遂介绍温加入同盟会，赠予革命书籍，一直支持他组织起义。
光绪三十三年（1907），程昌祺回到故乡，任县视学（相当今教委文任），推行新学，创办学堂。在程的倡导和组织下，黔江新学得以推行。他亲自主持创办黔江县官立高等小学堂及一批初等小学堂，到次年全县有高等小学堂一所，学生55人、教员4人；初等小学堂41所，学生777人，教员45人。
是年秋，程被调回成都，任川西及川南区视学，为时4年，奔走30多个县，督办新学。辛亥革命后，历任蜀军镇抚府教育司长，四川军政府教育部总务科长、教育科长、第一科长，四川巡按使公署教育科长等职。由于推行新学，成绩显著，受到教育部奖励。
民国七年（1918），出任国立成都高等师范附中主任，十三年（1924），受聘
外国人创办的“四川华西协和大学”总务主任、中文系主任兼图书馆中文部主任。他利用“哈佛基金”，充实了学校图书及设备。协和大学校长赞扬他：“劳绩卓越，办事专勤，对人诚笃，训导有方。”
程昌祺晚年，遇上时局动荡，烽火四起，不堪政治纷扰，削发入空门，勤修净土，法号能观，屏居成都郊外近慈寺有年，因患阑尾炎，于民国三十年（1941）9月27日逝世，享年60岁。