穆棱东北红豆杉国家级自然保护区地处长白山脉北端，小兴安岭南麓，位于穆棱林业局辖区内，总面积35648公顷，保护区内集中生长着18万株东北红豆杉。保护区内东北红豆杉树种、树龄结构复杂繁多，是我国东北林区保存良好的一块东北红豆杉集中分布区，在黑龙江省林区具有明显的典型性和独特性，具有重要的保护价值。同时也是东北虎、东北豹的活动栖息地。

黑龙江穆棱东北红豆杉国家级自然保护区始建于2004年7月，2009年9月被国务院批准为国家级自然保护区。保护区位于长白山脉的北端，地处黑龙江省穆棱市穆棱林业局施业区内，地理坐标为东经130°00′～130°28′；北纬43°49′～44°06′，东西宽33km，南北长31 km，最低海拔450米，最高海拔920米，年平均温度在－2°C,年降雨量440－510毫米，总面积35648公顷。其中核心区面积15405公顷，缓冲区面积14328公顷，实验区面积5915公顷。是一个集濒危物种保护与森林生态系统综合保护于一体的自然保护区。保护区类型为野生生物类野生植物类型保护区，保护对象为国家一级濒危野生东北红豆杉及其赖以生存的针阔混交林系统。保护区南部、西部与吉林省森工集团接壤，东部、南部分别同黑龙江省森工集团绥阳林业局、吉林省森工集团天桥岭林业局毗邻。

保护区内山峦叠嶂，森林茂密，闻名遐尔的穆棱河就发源于保护区内的窝集岭，以红松、云冷杉、白桦、山杨、蒙古栎、落叶松等为优势树种的温带针阔混交林，森林植被发育良好。保护区内的针阔混交林内散生有濒危珍稀的国家一级保护重点保护野生东北红豆杉18万株，同时也是东北虎、东北豹的活动栖息地。树龄结构完整更新良好，最大胸径达92厘米树高13米。是我国东北林区保存良好的一块东北红豆杉集中分布区，在黑龙江省林区具有明显的典型性和独特性，具有重要的保护价值。

2002年起，穆棱林业局就开始对东北红豆杉进行了保护，并着手进行立项与论证，并积极申报建立东北红豆杉自然保护区。

2004年7月，黑龙江穆棱东北红豆杉自然保护区被国家林业局批准为省部级自然保护区。

2009年，经国务院审定，穆棱东北红豆杉自然保护区被批准为国家级自然保护区。

保护区位于黑龙江省穆棱市境内，范围在东经130°00′—130°28′；北纬 43°49′—44°06′之间。南自吉林省天桥岭林业局局界起，沿省界向北至绥阳林业局界，沿绥阳林业局和穆棱林业局交界线至扬木桥林场边界，向西北沿杨木桥林场80、71、61林班界，再向西南经共和经营所7、8、9、21、20、19林班界，界龙爪沟经营所施业区5、1、36林班界，和平林场5、16、4林班界至双宁林场界，沿双宁林场48、45、32、30、54、56、57、60、59林班界至吉林省界，向南沿吉林省界至吉林省天桥岭林业局局界。

穆棱东北红豆杉国家级自然保护区地势南高北低，东西两侧高，中部低。山脉属长白山系老爷岭山脉，呈西南东北走向。平均高度为海拔500-700米。

穆棱东北红豆杉国家级自然保护区属于中纬度北温带大陆性季风气候。冬季漫长寒冷干燥，夏季较湿热多雨，春秋季风交替气温变化急剧，秋天常见早霜。极端最低气温-44.1℃，最高气温35.7℃。年平均降水量530毫米，降雨集中在6-8月，无霜期在126天左右，日照2613小时。

黑龙江穆棱东北红豆杉国家级自然保护区总面积为35648公顷，其中核心区面积为15405公顷，缓冲区面积为14328公顷，实验区面积为5915公顷。

穆棱东北红豆杉国家级自然保护区保护对象为东北红豆杉及其生存环境。保护区内集中生长着16万余株、总面积3.5万公顷的东北红豆杉。这些东北红豆杉树种树龄结构复杂，其中胸径超过15厘米的植株达到1000余株，天然红豆杉幼苗超过10万株，是迄今为止在中国东北林区发现的面积最大、最完好的东北红豆杉集中分布区。东北林业大学的专家还在这里发现了一株胸径达到94厘米、树高25米左右、树龄超过1200年的红豆杉，这是中国目前发现的树龄最长的红豆杉。专家认为，保护区内的红豆杉种群是黑龙江地区分布最集中、保存最完整、种群数量最大的东北红豆杉天然种群，具有典型性和原生性。

穆棱林业局在缓冲区和其他生产区进行人工培育和天然繁殖红豆杉，建立了160公顷的东北红豆杉繁育基地。穆棱东北红豆杉国家级自然保护区对研究和保护东北红豆杉这一濒临灭绝的世界珍贵树种有着重要的价值，可以通过研究活化石植物的生态机理，帮助人类追溯地球生态环境的变迁。