章毓晋于1989年获
比利时列日大学应用科学博士学位；1989年至1993年先后为荷兰德尔夫特大学博士后及研究人员；1993年到中国北京
清华大学电子工程系工作；1997年起聘为教授；1998年起成为博士生导师；1994年至2003年任图象图形研究所副所长；2003年学术休假年期间同时被聘为新加坡
南洋理工大学访问教授；2014年起为教学科研系列长聘教授。
曾任第二十四届国际图象处理学术会议（ICIP'2017）程序委员会主席； 第一届、第二届、第四届、第五届、第六届、第七届和第八届国际图象图形学学术会议（ICIG'2000，ICIG'2002，ICIG'2007，ICIG'2009，ICIG'2011，ICIG'2013，ICIG'2015）程序委员会主席； 第十二届、第十三届、第十四届、第十五届、第十六届、第十七届、第十八届和第十九届全国图象图形学学术会议（NCIG'2005，NCIG'2006，NCIG'2008，NCIG'2010，NCIG'2012，NCIG'2014，NCIG'2016，NCIG'2018）程序委员会主席。 第八届国际多媒体会议 (ISM 2006)程序委员会副主席。
章毓晋在清华大学，先后开出并讲授10多门本科生和研究生课程，包括“
图象处理”，“图象分析”，“图象理解”，“基于内容的视觉信息检索”等。 在
南洋理工大学，开出并讲授过研究生课程：“现代图象分析（英语）”。
近年对图象处理，分析和理解的综合进行了专门研究，并将它们结合，首次完整地提出了图象工程学科的概念定义和内含外延并积极推广。 结合图象工程的提出，从1996年起已连续二十九年对中国图象工程的研究及主要文献进行了系统的年度分类总结综述，以推动图象工程的研究，应用和发展。