第5舰队组建于二战期间的1943年，当时是
太平洋舰队的主力作战舰队之一，负责中太平洋地区的对日作战，曾组织实施了
中途岛海战、基尔伯特战役、马绍尔战役、里亚纳海战、硫磺岛登陆、冲绳登陆等著名战役，二战结束后于1947年撤编，并于
1995年被重编。
1995年7月l 日，美海军为了加强在海湾地区的前沿军事存在，在中东海军部队的基础上，更新组建第5舰队。该舰队部署在海湾地区，统辖位于波斯湾、红海、阿曼湾、亚丁湾和阿拉伯海活动的海军部队。舰队司令部设在
巴林美国海军美国第五舰队(United States Fifth Fleet)，是
美国海军六大舰队之一。辖区范围从
波斯湾、
红海、
阿拉伯海，到东非
肯尼亚的
印度洋海域一带，司令部设置在
巴林。人员、机械材料由太平洋舰队及大西洋舰队提供，负责中东地区船支的安全。现任舰队司令官是美国中央海军司令官威廉‧格特尼。
第五舰队是美国海军成立的第五支舰队，
1944年4月26日编成，主要改组自美国中太平洋部队。这支部队历史包含中太平洋部队时期，从
1943年到
1945年间，由美国海军上将雷蒙德负责指挥。二次大战结束后，于
1947年1月遭解散。
第五舰队于
1995年被重编。因为
中东地区是世界最大的
石油生产地区，对美国来说是个利害关系重大的区域，冷战后，中东地区在美国全球战略中的地位不断上升，所以在这个区域设置常备的海军部队显得非常重要。例如在
波斯湾战争其间，美国就动员了不少海军战舰前往中东，由
第七舰队负责指挥。为满足该战区作战的需要。为此，美国在
1995年7月决定，重新编成第五舰队，负责中东地区的安全。
第50任务部队（Task Force 50, TF50） — 战斗部队 第51任务部队（TF51） — 水陆两用群 第53任务部队（TF53） — 兵站部队 第54任务部队（TF54） — 潜水舰部队 第57任务部队（TF57） — 哨戒・侦察部队 第58任务部队（TF58） — 海上临检部队 第59任务部队（TF59） — 远征部队/特别应对部队
雷蒙德·阿姆斯·斯普鲁恩斯 (Raymond Ames Spruance) 海军上将：1943年 ─ 1945年 凯文．安达尔 海军中将： 威廉‧格特尼(William Gortney)