第六次十字军东征（1228年-1229年），神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世为耶路撒冷第二王国取得耶路撒冷、伯利恒和通往地中海的走廊。

腓特烈二世于1215年在亚琛被他的监护人英诺森三世加冕为帝，当时他还很年轻。

在青少年阶段，弗雷德里克就已陆续继承了横跨欧陆南北的大片领地。先是从他父亲亨利手中，接过了大半个德意志地区和北意大利，又通过母亲获得了西西里岛与那不勒斯。虽然在德意志北部，还有反对他合法性地位的小块区域存在。但这并不妨碍他成为中世纪时代，名义上拥有最多疆域的神圣罗马皇帝。因此，他也成为了很多地方实力派与教廷都需要重点提防的对象。尤其是以意大利中部为基地的罗马教皇，实际上处于皇帝的南北领地包围中。

教皇希望他能发动一次成功的十字军，但接下来的时间他忙于巩固自己在德国、意大利和西西里的地位。

1221年结束的第五次十字军东征中，弗雷德里克的位置非常尴尬。虽然他早已承诺参与其中，却从一开始就遭到教廷的刻意打压。来自德意志内部的奥地利公爵，成为了这次十字军的前期领头人物之一。这无疑是在削弱皇帝的个人威望。在奥地利公爵利奥波德离开中东后，来自德意志北部的十字军又接替上去。当地的贵族也一直反对弗雷德里克成为皇帝。所以，尽管有象征性的派兵增援，神圣罗马帝国在实际上是缺席了这次远征。年轻的皇帝，需要稳固自己在欧洲本土的地位，自然是有些以分身乏术。

第五次十字军失败后，条顿骑士团长赫尔曼·冯·萨尔察（Hermann von Salza）来拜见皇帝，建议他娶年轻的耶路撒冷王国女王尤兰达为妻。1225年8月，刚加冕的女王被马耳他伯爵亨利从阿克送到意大利。11月9日，31岁的皇帝与14岁的女王在布林迪希结婚。作为个人来说，这是一次悲惨的婚姻，尤兰达不久就向父亲抱怨皇帝勾引她的堂姐妹，皇帝将她送往巴勒莫，在那里这个17岁的皇后在生下一个儿子——康拉德后6天就去世了。但这次婚姻在政治上是成功的。耶路撒冷王国跟帝国联成了一体，腓特烈宣布宣布自己拥有耶路撒冷王国的统治权，作为圣地国王的弗里德里希可以去实现他10年前的誓言了。

1223年，在Ferentino会议上皇帝当着教皇和约翰国王的面重申了他的誓言，并定下了1225年6月24日这个期限。但到了这一天，他发现仍无法兑现，于是在第二天又在圣日耳曼诺（San Germano）宣布1227年8月15日为新的期限，并煞有其事地保证，提供1000骑士、100艘船、50艘战舰，至少作战2年，还在罗马存了10万盎司金子作为保证金。

腓特烈的军队主要来自西西里王国境内，因为皇帝自己也无法有效调动阿尔卑斯山以北的诸侯武装。

但新教皇格列高利九世不喜欢他，威胁要将他革出教门。1227年夏，他在阿普利亚集结军队，由于疟疾在军中横行，7月底林堡公爵先带着几千人出发了。皇帝在布林迪西于9月8日登船，还没出海就和图林根伯爵一起病倒了。经过三天考虑，他听从了顾问的劝告，在奥特朗托上岸治疗。但教皇不听他的解释，立即将他革出教门。

1228年6月28日，被革出教门的皇帝带着第二支部队出发了。格列高里听说他没有来申请宽恕就走了，认为是对自己的不敬，于是第二次将他革出教门。

这也意味着此次远征不受教皇祝福与引导，不会有其他欧洲领主参与进来。但弗雷德里克的东征，显然不仅仅是为增加自己在基督教世界内部的话语权。因此皇帝听说后只是一笑了之。

但他的一些部下不愿跟随一个被革教籍的人出征，很多人回家了。所以当他抵达巴勒斯坦后，他的军队已经大大缩小了。同时，由于尤兰达去世，很多当地骑士不再把他看作是合法的国王，使他的行动受到了阻力。

弗雷德里克的神罗-西西里东征军，并没有足以完成战争需求的兵力。这就和过去的历次神罗东征军，形成了鲜明反差。因为无论是从陆地前进的巴巴罗萨，还是由威尼斯船队运输的奥地利军队（与匈牙利国王安德烈二世的大军一同行动），都有着更大规模和完善组织。弗雷德里克则只能依靠西西里王国一地的运力，无法获得同西西里存在海上争霸的热那亚船队支持。这也是他自感无力征召德意志封建军队的另一个原因。

但就本质上而言，年轻皇帝的远征模式没有和前人有任何不同。因为自己的特殊身份，他决心到东方聚拢分散在三地的十字军武装，汇集成自己所需要的军事力量。这恰恰也是神罗皇帝在跨区域战争中，所一直秉持的战争模式。君主本人率领核心精锐抵达，征召临近战区的采邑部队，临时组合为不同风格的大军。只是在第六次十字军时，运行机制从陆地搬到了海上。

1128年，神罗皇帝和他的船队抵达了去往圣地的首个要地--塞浦路斯。由于威尼斯人和拉丁帝国都控制了地中海东部，所以这段行程并没有大费周章。至于孤悬于西亚外海的塞浦路斯本身，也是十字军在第三次东征后的最大前进基地。

在岛上，弗雷德里克再次遇到了自己的岳父，名义上的耶路撒冷王国摄政--约翰。面对这位亲临东方的君主，岛上的法兰克贵族们都表现的非常恭顺。但表面的平和之下，还是包含着很多隐忧。因为皇帝已经以耶路撒冷王国的继承者自居，并开始向摄政王约翰发难。他甚至要求后者接受处罚，将位于西亚海岸上的贝鲁特港交给帝国管辖。这个要求自然被一口回绝，皇帝也意识到自己弄僵了同塞浦路斯贵族们的关系，让他们和德意志诸侯一样反对自己。

皇帝在塞浦路斯度过了1228年夏季，9月，神罗皇帝终于渡海抵达中东，进入了当时的耶路撒冷王国都城--阿克港。通过十字军与意大利商业城市运作，这里已经后来居上，在贸易额方面胜过了北方的贝鲁特。

教皇的革教令也到了，阿卡城里的世俗贵族因此不愿意追随皇帝。两大骑士团宣布跟他断绝关系，圣殿骑士团和医院骑士团成员如果愿意追随皇帝出征，皇帝就必须在官方文书中去掉他们的名字，免得教会因此事而进行追究。只有条顿骑士团和他手下的骑士们还勉强支持他。皇帝发现自己无力发动战争，他决定通过谈判达到目的。

这时的阿尤布王朝也在经历着一场内战，埃及苏丹卡米勒和大马士革苏丹穆阿扎姆之间正因阿尤布王朝的亚洲领土和统治权问题进行着兄弟间的残杀。为了对付穆阿扎姆，卡米勒决定借助十字军的力量来打击自己的穆斯林兄弟。早在腓特烈二世在巴勒莫未出发时，卡米勒的使者就与他达成一项协议，腓特烈二世派兵支持卡米勒对叙利亚苏丹的战争，而卡米勒将耶路撒冷交付给他作为回报。1227年底阿尔-卡米勒的兄弟、大马士革总督阿扎姆去世，他的儿子年幼，于是阿尔-卡米勒趁机围攻大马士革。他还向在阿克的弗里德里希派去使者，尽量拖延时间。

双方的情形很相似，都无力作战，都想获得一些象征性的胜利。1228年11月，腓特烈二世尝试引穆斯林出战，但苏丹固守不出，使得他撤退，加固了雅法。由于大马士革久攻不下，苏丹决定与十字军议和。

让苏丹感到惊讶的是，德意志出生的皇帝不仅能熟练使用拉丁语和希腊语，甚至能用阿拉伯语和自己交谈。这其实也得益于弗雷德里克从小生活的西西里环境，一个不断在神圣罗马帝国、诺曼海盗、阿拉伯征服者与拜占庭希腊人之间易手的地方。在弗雷德里克东征的时代，岛上还有一些阿拉伯社区存在。

1229年2月，双方走上了谈判桌达成《雅法和约》。

耶路撒冷、伯利恒、拿撒勒、蒙福尔和托伦城堡以及从耶路撒冷到雅法的走廊地带归还基督徒，可以在耶路撒冷修建城墙；耶路撒冷王国则还能要回沿海的雅法、西顿两个港口；穆斯林保留在圣陵和阿克萨清真寺的权利，可以自由出入圣城，并派兵驻扎在约旦河边的要塞里；签订10年的停战协议；归还双方战俘。

显然，这是神罗皇帝的东方贸易需要，也是阿尤布苏丹希望提升海运收益的结果。

阿尔-卡米勒在名义上吃了亏，他的阿訇们也公开指责他，穆斯林都很不满。但他清楚，在这种形势下他可以随时收回圣城，所以他可以不理会这些指责。

但西方仍在指责皇帝，认为他没有在战场上堂堂正正的打败异教徒，而圣城由于没有防御能力，仍要依靠穆斯林的意愿而生存。实际上，他对苏丹的感情恐怕比对自己在西方的敌人融洽的多，在谈判中，苏丹将一封企图谋害他的信交给他看，他大声说道：“看，这就是基督徒之间的友谊。”

3月17日，腓特烈二世进入圣城，只有德国人和意大利人陪同他，连教长也没来，城市大部份是冷冷清清的。18日是星期日，皇帝到圣陵教堂作弥撒，却连个牧师都找不到，但他大胆地给自己加冕为王了。然后他来到也是空无一人的圣约翰医院，在那里建立了宫廷，装模作样的发布了一些命令。19日，凯撒里亚大主教来了，要将城市置于自己手下。皇帝怒了，愤然离去，23日回到阿克，那里他的部下和当地骑士已经闹成一团。于是他决定回国。

5月1日晨，皇帝启程回国了。当地贵族都不认可他的自加冕行为，不承认他是圣地的国王，他的这次访问式东征也加剧了东方各派间的矛盾。

但无论如何，年轻的皇帝都算是创造了奇迹。利用不可多得的战略机遇，兵不血刃地拿回圣城。不仅没有依靠其他欧洲势力协助，也没有请出尊贵的教皇。对于罗马教廷而言，这种隐性的打击，可能比大军压境的弹压还要致命。

由于圣地名义上的收复，各国没有热情再发动远征了；教会与皇帝的矛盾不久变得尖锐起来，以至于发动了对皇帝的十字军；意大利人与穆斯林的商业关系很密切，不想让战争影响他们的生意。这样，十字军的大潮一去不复返了。