事实上，由于红眼航班的
飞行时间欠佳，通常只能吸引
经济舱乘客选乘，对于追求生活品味、能为航空公司提供较高收益的头等、商务旅客而言，红眼航班是相当恶劣的飞行安排。因此，红眼航班的头等、商务客舱
上座率通常极度惨淡，而一旦航空公司对经济舱的客量预算失准，客运上则随时有亏本的可能。然而，红眼时段是货运的黄金时段，航空公司可以以客机的腹舱装载货物争取收益，尤其是运送数量少、时间短，但收益相当高的
急件货物，利用红眼航班不仅可以减省使用大型
货机的高昂
营运成本，还可以开拓经济舱的市场，提高收益。因此，对于部分依赖货运业务的主要航空公司（如
国泰航空、
大韩航空等），红眼航班是他们十分喜欢的飞行安排，一方面可赚取急件货物的收益，另一方面则以极廉价的机票价钱安排旅行团乘坐航班，赚取更多利润。近年来，甚至出现了以客机营运但不载客的红眼航班，以及在凌晨时分起飞/降落的载客红眼航班等异象。
2002年，中国民航业相隔22天先后发生两起空难－
釜山空难和
大连空难。5月11日，
中国民航总局颁布一系列安全规定，包括了禁止任何国内航班跨零时起降，即对红眼航班祭出禁令。由于此禁令的存在，一些长途航线的时间安排受到限制，加大了机场资源的紧绷程度。2006年，民航总局下发通知，国内所有机场客运
航班时刻从零点延长至次日凌晨二时，新疆地区延长至次日凌晨四时。2008年，中国大陆部分省市遭
雪灾袭击后，民航总局下发通知，取消凌晨两点至六点禁止航空公司运行国内客运航班的限制，以帮助疏散滞留旅客。